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摘要： Amber是一套程序的总称，它允许用户进行分子动力学模拟，特别是对生物大分子进行模拟。Amber中没有一个单独的程序使用这个名字，但是各个部分协同工作，并为许多常见的计算提供一个强大的框架平台。术语Amber也被用来指代Amber软件开发实现的经验力场。然而，应该认识到，代码和力场是分开的：其他几个 阅读全文

摘要： PDB中经常存在缺失loop信息，可以使用Schrodinger软件的Protein Prepare Wizard 进行loop的修复。PDB中不存在缺失loop信息时，可以使用Schrodinger软件的Crosslink proteins进行loop的修复。但是当缺失loop残基数超过20时，这 阅读全文