2023年2月10日

摘要: 接触过一段时间遗传变异检测,现有公认的 GATK 检测小变异(snv + indel)的 “最佳实践” ,但是对于结构变异(SV),尽管有相当多软件能进行 SV 检测,但在其目前业内没有共识的检测软件和流程。 阅读全文
posted @ 2023-02-10 14:35 magower 阅读(1703) 评论(0) 推荐(0)
 
摘要: 对于变异检测,通常每个样本都可以检测出许多变异,比如一个正常的全外可以检测 4w+ 个小变异(snv + indel), 而通常样本量多时,就有必要将所有检出的变异收集起来,用于后续的数据挖掘、变异查询工作。 阅读全文
posted @ 2023-02-10 13:56 magower 阅读(436) 评论(0) 推荐(0)

2022年11月29日

摘要: redis 是一个 Key-Value 数据库,Value 支持 string(字符串),list(列表),set(集合),zset(有序集合),hash(哈希类型)等类型。是一个 CPU 上缓存数据库,用于高效率的访问和更新数据,现常用于视频点赞等,短时访问量可能非常高,数据更新速度非常快的暂存数据库。 阅读全文
posted @ 2022-11-29 23:03 magower 阅读(62) 评论(0) 推荐(0)

2022年11月20日

摘要: 本篇补充 DNA germline 变异可信度证据项及其收集的代码,用于替代重复性且聒噪的 igv 人工审核,帮助临床变异分析人员提高效率,增加结果准确性评估,并排除人为主观因素造成的结论差异。 阅读全文
posted @ 2022-11-20 12:33 magower 阅读(162) 评论(0) 推荐(0)

2022年11月10日

摘要: 重新写一套新的代码,一些基本框架都比较类似,如加载模块、构建函数、参数读取、创建日志甚至是一些好用的自建装饰器,不想每次创建新脚本时都重新写一遍,或者找其他文件复制粘贴再删除不需要的代码块时,那么自建所需的代码块(snippet)就很好的解决这个问题。 阅读全文
posted @ 2022-11-10 22:39 magower 阅读(240) 评论(0) 推荐(0)