随笔分类 -  lammps

在集群的个人账户下安装20版本 lammps（2019版本inter编译器，lammps安装版本为3Mar2020, 集群版本为Centos 7.5）
摘要：下载软件 1 wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz 复制软件到/opt/software目录 1 cp lammps-stable.tar.gz /opt/software 解压 1 tar xvf lammps-stabl 阅读全文
posted @ 2021-09-26 09:52 lzq的小窝 阅读(1095) 评论(0) 推荐(0)
lammps出现丢失原子情况：
摘要：如果是已经调好的in文件，步长什么的都合理，丢失原子可能是data文件初始构型的问题，这个时候可以适当调整下data文件中边界的大小，适当增大边界长度，有时候会解决丢失原子的问题 如果in文件尚在调试阶段 且data文件模型合理，可以考虑调小步长 来壁面丢失原子的情况。 还有可能是原子空间太小，原子 阅读全文
posted @ 2020-09-24 21:15 lzq的小窝 阅读(3311) 评论(0) 推荐(0)
forcite大法好！
摘要：在lammps建模时所用的data文件常常会出现lost atoms的错误。主要原因就是：模型的初始构型不够好。 在此提供一种方法：初始模型可以使用ms的forcite的模块进行结构优化，然后到处car文件 生成data文件，一般即可解决丢失原子的问题。 阅读全文
posted @ 2020-09-10 19:18 lzq的小窝 阅读(668) 评论(0) 推荐(0)
lammps总结（2020年8月27日）
摘要：1.单独使用eam势函数 pair style 和pair coeff 的写法： pair_style eampair_coeff * * Cu.eam #cu-cu 2.混合势函数的写法： pair_style hybrid lj/cut/coul/long 10.0 lj/cut 10.0 ea 阅读全文
posted @ 2020-08-27 19:25 lzq的小窝 阅读(1648) 评论(0) 推荐(0)
lammps总结（7.27-7.30）
摘要：1.MS建模的缺陷： MS用AC建好对应尺寸盒子的模型之后，如果自己擅自改变尺寸的大小，会有如下后果：比如盒子中是水分子，自己改变盒子的尺寸 会导致水分子的键长发生变化。 此为MS建模的一个缺陷，但是模拟结果来说 键长好像影响不大（有待继续深入验证）。 2.新的建模方式： ms+packmol+VM 阅读全文
posted @ 2020-07-30 15:11 lzq的小窝 阅读(1528) 评论(0) 推荐(0)
packmol建模
摘要：转自：https://www.cnblogs.com/sysu/p/10712294.html 一、建模流程（modelling procedure）： 1.美国数据库下载amc、cif文件：http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php 2.导入vesta转成 阅读全文
posted @ 2020-07-30 09:59 lzq的小窝 阅读(1030) 评论(0) 推荐(0)
lammps温度云图
摘要：转自：小木虫 田淮安 的回答。 LAMMPS中的温度是由原子的动能计算而来的，具体可参见手册compute temp command一节的说明。LAMMPS的模拟结果，我这里指的是dump命令得到的lammpstrj文件，主要内容都是每个时刻每个原子的信息，包括坐标、速度、动能、势能等等（这些是由d 阅读全文
posted @ 2020-06-25 16:04 lzq的小窝 阅读(7944) 评论(4) 推荐(1)
MS中石墨烯建模
摘要：MS: 导入graphite （in thefile ofstructure-ceramics ), 然后build -Symmetry-make P1.然后切掉中间一层。然后切掉其中一层，将剩下的一层移到c轴中间附近。bulid-Symmetry-find symmetry-impose symm 阅读全文
posted @ 2020-06-24 17:05 lzq的小窝 阅读(4402) 评论(0) 推荐(0)
lammps 计算热导率
摘要：原文连接：http://mdbbs.org/thread-19218-1-1.html 看到有不少人在找热导率计算方面的in文件，我就贡献三个in文件吧，仅供参考。同时，附件里贴出了我的计算结果。EMD的输出结果（compute heat/flux command+compute tc comman 阅读全文
posted @ 2020-06-19 20:48 lzq的小窝 阅读(6258) 评论(9) 推荐(0)
lammps 学习之：系统压力太大，导致原子丢失
摘要：体系压力太大：146981.52bar，体系压强太大 会把原子挤跑 出现原子丢失的情况（lost atoms）。 原子丢失： 解决方法：增大体系体积。增加z方向的距离。 阅读全文
posted @ 2020-05-09 13:01 lzq的小窝 阅读(3092) 评论(1) 推荐(0)