摘要：之前用c写过一个程序，查找reads中是否包含了adaptor，如果检测到的话就过滤掉含有adaptor的reads，这次在过滤完数据之后发现接头序列比较多，为了提升组装效果，又不能很大地影响数据量，需要对接头进行截断处理，并过滤过短的reads，用python写了一个简短的程序，指定超过3个错配以... 阅读全文

摘要：今天开始所有的工作脚本全都从perl转变到python，开发速度明显降低了不少，相信以后随着熟练度提升会好起来。贴一下今天一个工作代码，由于之前去一家小公司测序时，序列长度竟然都没有达到要求，为了之后的索赔事宜，写了个脚本统计所有序列的结果，主要包括总的reads数，bases数，和达到测序策略要求... 阅读全文