摘要：plenv与pyenv、rbenv等都是同类型软件中非常好用的，这三个软件不仅命名类似，操作方式也相差无几，节约了很多学习的成本，所以非常推荐；安装使用plenv：1 git clone git://github.com/tokuhirom/plenv.git ~/.plenv2 git clone... 阅读全文

摘要：原文来自:博客园（华夏35度）http://www.cnblogs.com/zhangchaoyang 作者:Orisun>#!/usr/bin/perlusethreads ('yield','stack_size'=> 64*4096,'exit'=> 'threads_only','stringify');sub... 阅读全文

摘要：在perl中，调用系统命令有两种形势，`cmd` 和system"cmd"，他们主要的区别是`cmd`会获取返回结果，而system"cmd"会直接将结果输出到屏幕上，针对这个区别有以下两种用法：1，当需要获取运行结果的时候，如获取当前目录，就应该写成 chomp($pwd = `pwd`);如果写成 $pwd = system"pwd"，则$pwd值为0。（这里用到chomp说明`cmd`的结果... 阅读全文

摘要：1 由于在新版本中GCC把C99中的标准库分成了libc和libm两个部分，libm中包含一些数学库等，如果要用到libm时，必须加上-lm选项在解压Configure之后，再在Makefile中，LDFLAGS 和 CLDFLAGS两个参数后面加上 -lm即可解决问题2 参考：http://s... 阅读全文

摘要：在对之前的ITS数据(454数据)做split时，发现有一些reads没有被匹配上，但是barcode能够完全匹配，虽然之后的primer在中间漏了一个碱基，导致后面的碱基全部误匹配，从而导致这条reads没有被匹配上的问题。终于解决Qiime的问题后，使用split_libraries.py 做切... 阅读全文

摘要：由于Qiime出了点问题，ITS项目先缓几天，这两天先忙着做meta的内容。物种丰度计算准备工作：1 使用SOAPAligner对过滤好的数据进行比对，得到相应的.soap文件，里面记录匹配到的reads的情况；2 还需要将所有用到的reference做一个TAX，tax文件记录referenc... 阅读全文