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随笔分类 -  生物信息学笔记

生物信息学笔记，记录工作遇到的问题，解决问题的心得，软件应用的技巧

使用pigz快速压缩TB级别文件

摘要：背景：实验室的数据需要将搭建的UCSC Genome Browser进行备份，gbdb文件夹和mysql数据库文件夹总数据量将近10T，使用普通的tar和gzip进行压缩的话非常耗时。解决方法：使用pigz软件进行压缩。A parallel implementation of gzip for mo... 阅读全文

posted @ 2015-06-06 19:15 Jimmy_Chen 阅读(2939) 评论(0) 推荐(0)

centos 6.5 编译 segemehl 出错的解决方法

摘要：下载segemehl软件wget http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/segemehl/segemehl_0_1_9.tar.gz解压源代码tar -zxvf segemehl_0_1_9.tar.gz进入到源代码文件夹下cd segemehl_0_1... 阅读全文

posted @ 2014-12-02 15:56 Jimmy_Chen 阅读(420) 评论(3) 推荐(0)

segemehl 生成sam文件的后续处理——生成methylation table

摘要：1.使用callMajorMethyl.pl处理sam文件使用以下代码得到正链甲基化情况 1 #!/bin/bash 2 if [ $UID -ne 0 ]; 3 then 4 echo "Please run as root" 5 exit 1 6 fi 7 ##定义.fa... 阅读全文

posted @ 2014-08-27 23:47 Jimmy_Chen 阅读(622) 评论(0) 推荐(0)

How to use Bismark

摘要：sept 1. Bismark预处理./bismark_genome_preparation --path_to_bowtie /home/bowtie --verbose --bowtie2 /home/chromFa.mm9sept 2. bismark比对./bismark /home/chr... 阅读全文

posted @ 2014-08-23 21:22 Jimmy_Chen 阅读(795) 评论(0) 推荐(0)

How to use segemehl

摘要：setp 1. 建立索引./segemehl.x -x chr.ctidx -y chr.gaidx -d chr.fa -F [1 or 2]setp 2. 生成sam文件./segemehl.x -i chr.ctidx -j chr.gaidx -d chr.fa -q myreads.fa ... 阅读全文

posted @ 2014-08-23 21:20 Jimmy_Chen 阅读(780) 评论(4) 推荐(0)

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