随笔分类 - 生物信息
摘要：第一次听到这个概念，很懵，只知道是FLT3基因的内部段串联重复，因为之前是做遗传病相关，也接触过段串联重复序列， 后来经过文献阅读，发现完全不是一回事情。 遗传病中的短串联重复序列：（摘自百度百科） 短串联重复序列 (STR, short tandem repeats) STR: 短串联重复序列（s
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摘要：目的：本文主要简单介绍pindel检测sv的基本知识 能力：会基本使用，简单结果文件解读 官网： http://gmt.genome.wustl.edu/packages/pindel/ 参考文献： Ye, K., Schulz, M. H., Long, Q., Apweiler, R. & Ni
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摘要：结果呈现： 1、准备序列（碱基或者氨基酸） 2、利用clusterx进行序列比对 输入文件： 点击： Alignment Do complete Alignment 3、比对完成之后，输出比对结果文件 结果文件有2个： **.aln 和 **dnd 4、利用DNAMAN进行绘图 a) 导入刚刚比对好
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摘要：1.下载多序列比对软件 下载链接：https://pan.baidu.com/s/1RYDRQws8DUYLhB7rvXoiGg 2.序列比对 3.序列比对结果保存 输出结果保存为aln后缀 4.图片绘制 网站：http://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/index
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摘要：一、软件的安装 1.软件下载： curl ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect/edirect.zip -O （熟悉curl下载文件的方法，见http://www.cnblogs.com/duhuo/p/5695256.html） 2.解压 u
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摘要：1.软件的安装： 网站：http://www.megasoftware.net/ windows上安装，下载windows-command line（cc）版本的，格式为zip，解压之后，里面有两个主程序，MEGACC和MEGA-PROTO，安装完后之后，将megacc的环境变量添加到系统的环境变量
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摘要：read：测序时，产生的较短的原始序列叫read contigs：有多个reads通过片段的重叠，组装成一个更大的read，称为contigs scaffold：多个contigs通过片段的重叠拼接成更长的scaffold； 从上面的解释来看，可以发现这些命名应该比价常出现在de novo拼接当中。
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摘要：1.单端测序还是双端测序 2.测序的读长是多少 3.是否建立链特异性库 4.需要多少的测序数据量（即测序深度是多少） 5.设置多少个生物学重复比较好 6.如果我们做了生物学重复还要做技术重复吗？ 相关答案： 至少需要三个重复 测序深度对结果的改善不如增加生物学重复
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摘要：1.本人刚开始安装的时候，先下载相关的软件包，然后安装installtion中的方法安装， 运行的时候老是报错。根据错误提示安装解决方法。也参考了其他的笔友的一些建议， 发现特别麻烦，后来无意中发现有小伙伴用bioconda来安装，一个命令，简单快捷。 2.bioconda安装HTSeq操作如下：
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摘要：1.啥叫高通量测序 2.sanger测序法是什么 3.什么是全基因组重测序 4.de novo（是拉丁文喔）是什么意思？ 5.外显子测序 6.mRNA测序（RNA-seq） 7.small RNA测序 8.Chip-seq（染色质免疫共沉淀）测序 9.RIP（RNA免疫共沉淀-seq测序 10.宏基
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摘要：参考网站： https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247484588&idx=1&sn=c5f223baf14d5fba303e8d92ee6e441d&chksm=9b484417ac3fcd010e9f8756dd6bbd3
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摘要：参考网址 ： https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247484318&idx=1&sn=bb7fc36c73120945d7493e679744c0d6&chksm=9b484325ac3fca332cb38e31051e7d
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摘要：参考网址：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247484311&idx=1&sn=7845d8341562531e968598da685b38a4&chksm=9b48432cac3fca3aed2d57cc12d94eb5
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摘要：参考网址：http://blog.csdn.net/mtj66/article/details/57074986 【感谢原作者】
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摘要：参考网址： https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567
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摘要：1.SAM（sequence Alignment/mapping)数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式，当然他可以用于存放未比对的数据 2.AMTools的主要功能如下： view: BAM-SAM/SAM-BAM 转换和提取部分比对 sort: 比对排序 merge: 聚合多个排序比对
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摘要：1.参考网址： https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247484744&idx=1&sn=2dbe0ea619d4e1595fc4b37fa09a1563&chksm=9b4845f3ac3fcce5a62fd7a505763
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摘要：1.下载参考基因组的三大网站： NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc） UCSC (http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html) Ensemble （http://asia.ensembl.org/index.h
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摘要：参考网址：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247483738&idx=1&sn=bd57965cf960293837671b315b35c4d4&scene=19#wechat_redirect 参考网址： https:/
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摘要：参考网址： http://www.bio-info-trainee.com/1469.html http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/ig
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