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2021年7月14日
3ds Max基本操作
摘要: 3ds Max
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posted @ 2021-07-14 23:35 刘建东
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2019年10月20日
gromacs2018使用踩坑记--insert-molecules
摘要: 1] gmx插入分子[ -f [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -ci [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -ip [<.dat>] ] [ - n [<.ndx>] ] [ -o [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -replace <选择> ]
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posted @ 2019-10-20 21:17 刘建东
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2019年10月13日
gromacs2018使用踩坑记--grompp 为啥要用-r
摘要: 1. GMX grompp 概要 gmx grompp [ -f [<.mdp>] ] [ -c [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -r [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -rb [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -n [<.ndx>] ] [
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posted @ 2019-10-13 13:33 刘建东
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2019年9月26日
Molecular Dynamics
摘要: First]前处理 Second]运行MD Third]后处理 一、获得结构文件-来自实验数据或者某些化学软件工具 1】第一步: 获取并处理pdb文件 从Protein Data Bank下载小肽的pdb文件1OMB.PDB(或点击这里下载). 在Linux下你可使用如下命令: wget http:
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posted @ 2019-09-26 19:26 刘建东
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2019年9月13日
分子动力学-概念、安装、实例运行
摘要: 一、概念 二、安装 三、实例运行 nohup:即 no hang up,使执行的指令在SSH链接断开后也能继续运行; &:使执行的指令后台运行; 搭配使用:当执行的指令运行时间太长时,搭配使用,即 nohup YourCommandHere &
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posted @ 2019-09-13 21:22 刘建东
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2019年4月26日
N2RR
摘要: 一、背景 氨(NH 3)是一种新兴的能量载体,在液氨中含有17.6%(重量)的氢,而在甲醇中的含量为12.5%(重量),很可能成为未来氢能经济的有希望的候选者。然而,如果基于NH 3的肥料不足以养活世界上快速增长的人口,那么进一步的发展将是不可能的。不断增加的氨需求刺激了上个世纪人工NH 3大规模生
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posted @ 2019-04-26 10:53 刘建东
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2019年4月14日
Linux常用命令
摘要: 一、Linux 查看机器的cpu,操作系统等命令 [root@f3 ~]# head -n 1 /etc/issue CentOS release 6.4 (Final) 二、Linux文件系统 1.Ubuntu 查看磁盘空间大小命令 df -h Df命令是linux系统以磁盘分区为单位查看文件系统
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posted @ 2019-04-14 17:41 刘建东
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2019年3月27日
嵌锂电压计算
摘要: 嵌锂化学势定义为:EV=−(ET−E0−nELi)/ne,其中e是电子电荷,ELi是Li体相中一个Li原子的能量,E0是所研究体系的能量,ET是n个Li原子吸附的相应体系的能量。
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posted @ 2019-03-27 22:23 刘建东
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理论容量计算
摘要: 一、C=nF/3.6M (mAh/g) 二、活性物质的理论容量=26.8*反应中价态变化数/活性物质的分子量(Ah/g) 三、理论容量:1mol电子电量为96485C,假设材料发生的是n个电子的电化学反应,1mol活性物质发生电化学反应产生的电量则为96485n C=96485n A*s,所以单位质
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posted @ 2019-03-27 22:19 刘建东
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2019年2月26日
VASP表面计算步骤小结
摘要: 原文链接:http://blog.sciencenet.cn/blog-478347-374981.html 一、概述 vasp用“slab” 模型来模拟表面体系结构。 vasp计算表面的大概步骤是: 材料体性质的计算;表面模型的构造;表面结构的优化;表面性质的计算。二、分步介绍 1、材料体性质计算
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posted @ 2019-02-26 21:22 刘建东
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