摘要：
QUAST，全名为 Quality Assessment Tool for Genome Assemblies。主要用于初步评估基因组组装的连续性等情况。 一、安装 创建QUAST独立环境并安装quast conda create -n QUAST -c bioconda quast 二、使用 co 阅读全文
posted @ 2022-10-07 22:16
pd_liu
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摘要：
BUSCO，全名为Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs，依据单拷贝同源基因评估基因组组装注释的完整度。 一、安装 为避免环境冲突，建议单独配置busco的环境。 conda create -n busco busco conda activate 阅读全文
posted @ 2022-10-07 21:13
pd_liu
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摘要：
由于HiFi测序的CCS特性，公司交付的文件一般是bam文件，需要手动转换为fasta格式，以便后续组装。 PS：应该可以使用bamtools，进行相关的数据过滤，再转为fasta格式。 一、bam-->fasta sudo samtools view *.bam | awk '{print ">" 阅读全文
posted @ 2022-10-07 19:28
pd_liu
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