摘要：由于HiFi测序的CCS特性，公司交付的文件一般是bam文件，需要手动转换为fasta格式，以便后续组装。 PS：应该可以使用bamtools，进行相关的数据过滤，再转为fasta格式。 一、bam-->fasta sudo samtools view *.bam | awk '{print ">" 阅读全文

摘要：网上的很多教程说的共线性分析，往往是指的基因的共线性分布情况，具体作图时依据基因的关联位置信息等，输入文件包括gff以及fasta等信息。 这里说的亚基因组共线性，是指两条序列或两个基因组间的一致性分布情况，只需要输入两条fasta或者两个基因组序列文件即可，主要目的是看序列间的相似性以及发现序列间 阅读全文

摘要：awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 阅读全文

摘要：更多VCF格式详细信息参见http://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.2.pdf ##为header line，注释信息 #为data line，表头信息： CHROM - chromosome POS - position ID - identifier R 阅读全文

摘要：参考《Bioinfomatics Data Skill》第414页 一、首先安装pysam $ pip install pysam 二、编写程序统计比对数据 以下代码具有一定参考价值，不如samtools stats直接好用。若是需要单独统计特殊信息，以下代码逻辑/框架具有一定参考价值。 impor 阅读全文