文章分类 - Linux
摘要：官网http://mama.indstate.edu/users/ice/tree/ 一、安装 最简单的方式是通过apt-get安装，但是我在服务器上尝试的时候始终定位不到包，因此通过手动安装。 cd ~/biosoft wget http://mama.indstate.edu/users/ice
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摘要：有些程序运行时间太长，或者上传下载数据太慢，可以将其从前台运行转入后台。 一、前台转后台 暂停当前任务 [ctrl] + z 查看job号 jobs 可以看到[1]、[2]两个任务已暂停 将2号任务挂到后台运行 bg %2 二、后台转前台 将[1]号任务转入前台 fg %1 使用组合键终止运行 [c
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摘要：使用一套ls、grep、wc组合拳，结合管道符，查询文件、文件夹数目。 一、ls使用-l参数，以便于统计 统计当前目录下文件个数 ls -l | grep "^-" | wc -l 统计当前目录下文件夹个数 ls -l | grep "^d" | wc -l 二、增加使用-R参数时，会递归列出文件树
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摘要：使用nohup后台挂起执行命令，即使终端退出也不会导致运行程序中断。适用于服务器上跑程序。默认情况下会输出nohup.out文件。 一、用法说明如下 nohup [Command] [ Arg … ] & 其中command为要执行的命令；Arg为一些参数设置，可通过重定向设置输出位置；&使命令在后
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摘要：在ncbi上传数据时，需要填写biosample_name，通过shell命令快速输出样本名称。 一、通过如下命令提取指定后缀的去后缀文件名 for i in *_1.fq.gz;do basename $i '_1.fq.gz';done #遍历当前目录下的所有带_1.fq.gz后缀的文件，输出不
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摘要：由于上传ncbi填写文件名时，二代测序的paired reads文件需要分开file1、file2填写，而单个样本由*_1.fq.gz以及*_2.fq.gz组成因此需要分开输出对应文件名以便复制拷贝到表格中填写。 下图所示如样本AQ2由AQ2_1.fq.gz以及AQ2_2.fq.gz组成 使用fin
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摘要：利用AWK命令进行各种类型输出，在处理生信数据时，使用AWK命令会非常方便，省去很多编写脚本处理数据的时间。 一、使用man命令查看awk使用说明 二、练习使用AWK命令输出对应行列文件 输出文件第一列 awk '{print $1}' /Users/liuxin/Desktop/md5.txt 输
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摘要：由于linux一切设备通过文件形式管理，因此linux服务器上插入硬盘并不像windows会图形化显示硬盘位置，在服务器上需要挂载硬盘到用户文件下才可以正常使用。在拔出磁盘之前也需要响应的卸载操作。 一、查询硬盘位置 sudo fdisk -l 其中Size为4.7T的是我插入的硬盘，所在路径为/d
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摘要：功能：在a中查询b。 通过vim创建vlookup.sh脚本 #!/bin/bash awk 'NR==FNR{a[$1]=$0;next}NR>FNR{if($1 in a)print $0"\t"a[$1]}' $1 $2 >vlookup_result 激活脚本 chmod u+x vlook
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摘要：#快速向前/向后删除错误指令串 [ctrl]+u/[ctrl]+k #光标控制快速向最前/向最后 [ctrl]+a/[ctrl]+e #快速清屏，效果等于clear [ctrl]+l #输出当前shell程式类型 echo $SHELL #输出上一个指令是否成功执行，成功执行返回0 echo $?
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