SYRI实现基因组间结构变异可视化

https://www.jianshu.com/p/93eec573e1a0

https://github.com/schneebergerlab/plotsr#genomes

https://github.com/schneebergerlab/syri

比对可以用到minimap2做比对，也可以用mummer做比对处理，两者输出结果都可以容易的通过syri进行可视化。

需要注意的是plotsr可视化工具v1.6和v1.4的参数设置并不相同。

plotsr v1.6功能更加强大。

话不多说，直接开始，流程记录如下。

一、安装

#syri分析工具,plotsr为配套可视化工具
conda create -n syri syri plotsr -y

二、两基因组比对

nucmer --mum -t 16 -p refgenome.fa querygenome.fa
delta-filter -i 90 -l 15000 -q out.delta > out.filtered.delta
#此处也可用mummerplot可视化，但点图看不太清楚，只能看大致的比对情况。所以后续尝试用syri作染色体水平结构变异的细致可视化
#格式处理
show-coords -THrd out.filtered.delta > out.filtered.coords

三、Syri分类处理处理

需要syri生成输出的syri.out文件，用于plotsr可视化

syri -c out.filtered.coords -d out.filtered.delta -r refgenome.fa -q querygenome.fa

四、plotsr可视化

vim genomes.txt

#file    name     tags
refgenome.fa    ref    lw:2
querygenome.fa    query    lw:2

plotsr可视化

plotsr \
    --sr syri.out \
    --genomes genomes.txt \
    -o ref_query_findSV.pdf

五、效果图

图片来自syri github官网。如下图添加tracks，可以实现更多的可视化效果。