小鲨鱼2018

2022年8月11日

摘要： 001、c语言中每种数据类型可存储额值都是有范围的。例如，int类型的取值范围是-32767 到 32767。例如声明int型、double型变量时，分配的存储空间是不一样的，因此可以存储的数值范围就不一样。这些数据类型都有一些固定的属性，继承了这些属性而创建出来的实体变量称为对象。阅读全文

posted @ 2022-08-11 00:32 小鲨鱼2018 阅读(785) 评论(0) 推荐(0)

c语言中输入单精度浮点数和双精度浮点数

摘要： 001、单精度 #include <stdio.h> int main(void) { float i; puts("please input an float number."); printf("float i = "); scanf("%f", &i); ## 此处使用%f printf("i 阅读全文

posted @ 2022-08-11 00:26 小鲨鱼2018 阅读(2806) 评论(0) 推荐(0)

2022年8月10日

使用python根据SNP变异检测vcf文件中的碱基突变信息并替换参考基因组中相应位置的单碱基

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta b.vcf test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >NC_000964.3 Bacillus subtilis subsp. 阅读全文

posted @ 2022-08-10 22:57 小鲨鱼2018 阅读(545) 评论(0) 推荐(0)

linux 中shell脚本统计fasta文件每一个scafflod的碱基总数目

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTCCGTT 阅读全文

posted @ 2022-08-10 01:24 小鲨鱼2018 阅读(198) 评论(0) 推荐(0)

linux 中shell将fasta文件的每一个scafflod的所有碱基整合为一行

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTCCGTT 阅读全文

posted @ 2022-08-10 01:21 小鲨鱼2018 阅读(266) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 shell 将fasta文件依据scafold 拆分为单独的文件

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta (base) root@PC1:/home/test2# sed '$a tag_tag' a.fasta -i ## 在fasta末尾添加一个标记tag_tag (base) root@PC1:/home/t 阅读全文

posted @ 2022-08-10 01:05 小鲨鱼2018 阅读(116) 评论(0) 推荐(0)

python 中根据基因位置信息在基因组fasta文件中获取对应的基因序列

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta list.txt test.py (base) root@PC1:/home/test2# head a.fasta ## 基因组fasta文件 >NC_000964.3 Bacillus subtilis s 阅读全文

posted @ 2022-08-10 00:13 小鲨鱼2018 阅读(801) 评论(0) 推荐(0)

2022年8月9日

python中截取序列的反向互补序列

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test3# ls test.py (base) root@PC1:/home/test3# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python def com_trs(str): list1 = [] str = rev 阅读全文

posted @ 2022-08-09 23:13 小鲨鱼2018 阅读(91) 评论(0) 推荐(0)

python 中列表内循环结构

摘要： 001、列表中 >>> list1 = list(range(11,20)) >>> list1 ## 测试列表 [11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19] >>> select = [2, 3, 7] ## 索引 >>> [list1[k] for k in sele 阅读全文

posted @ 2022-08-09 22:48 小鲨鱼2018 阅读(312) 评论(0) 推荐(0)

使用python以滑动窗口方式统计基因组fasta文件中各序列的各碱基（如GC碱基）平均含量

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta test.py (base) root@PC1:/home/test2# head a.fasta ## 测试数据 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTC 阅读全文

posted @ 2022-08-09 21:18 小鲨鱼2018 阅读(998) 评论(0) 推荐(0)

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