小鲨鱼2018

2023年7月15日

摘要： 001、 [root@PC1 test01]# ls ## 测试文件 a.txt.gz [root@PC1 test01]# gzip -dc a.txt.gz > a.txt ## 解压，同时保留源文件 [root@PC1 test01]# ls a.txt a.txt.gz [root@PC1 阅读全文

posted @ 2023-07-15 20:53 小鲨鱼2018 阅读(211) 评论(0) 推荐(0)

blast软件比对库nr、nt库的下载、构建索引、序列比对

摘要： 001、 002、 003、 004、 005、 006、 007、链接：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/ 。 nt为核酸数据库，nr为蛋白质数据库 008、使用命令行下载 a、 [root@PC1 test02]# wget -c http 阅读全文

posted @ 2023-07-15 16:52 小鲨鱼2018 阅读(2620) 评论(0) 推荐(0)

linux 中blast序列比对

摘要： 001、对数据库构建索引 [root@PC1 001_protein_database]# ls protein.faa ## 构建索引 [root@PC1 001_protein_database]# makeblastdb -in protein.faa -dbtype prot -title 阅读全文

posted @ 2023-07-15 12:04 小鲨鱼2018 阅读(719) 评论(0) 推荐(0)

NCBI的参考基因组有GCF 和GCA两种

摘要： GCF： RefSeq GCA： GenBank 前者可能更可靠一些。阅读全文

posted @ 2023-07-15 11:47 小鲨鱼2018 阅读(1746) 评论(0) 推荐(0)

uniprot数据库

摘要： uniprot数据库：https://www.uniprot.org/ 阅读全文

posted @ 2023-07-15 10:10 小鲨鱼2018 阅读(29) 评论(0) 推荐(0)

R语言中 topGO包的安装

摘要： 001、 if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("topGO", force = TRUE) library(topGO) 。阅读全文

posted @ 2023-07-15 09:51 小鲨鱼2018 阅读(664) 评论(0) 推荐(0)

2023年7月14日

linux 中blast软件的安装

摘要： 001、进入ncbi官网 002、点击blast 0 003、点击download blast 004、点击如下链接： 005、点击下载linux 64位：下载链接：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 006、阅读全文

posted @ 2023-07-14 22:05 小鲨鱼2018 阅读(1677) 评论(0) 推荐(0)

R语言中 ggplot 函数绘图设置坐标轴刻度线tick的长度和粗细

摘要： 001、设置长度基础绘图： ggplot(data=mtcars, aes(x=mpg, y=disp, color=factor(cyl))) + geom_point() 绘图如下： 002、设置刻度标签的长度 library(ggplot2) ggplot(data=mtcars, aes( 阅读全文

posted @ 2023-07-14 14:56 小鲨鱼2018 阅读(4999) 评论(0) 推荐(0)

R语言中hist函数绘制直方图

摘要： R语言中使用hist函数绘制直方图，参数为一个向量。 001、 dat <- c(rep(1, 10), rep(2, 5), rep(3, 6)) ## 参数为一个向量 dat hist(dat) ## 直接绘图横坐标为区间，纵坐标为落入该区间的频数。 002、 break参数用于指定断点，阅读全文

posted @ 2023-07-14 10:00 小鲨鱼2018 阅读(1319) 评论(0) 推荐(0)

2023年7月13日

linux 中awk命令的几个常用算数函数

摘要： 001、幂函数（即e的多少次方） [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 9 1 2 10 [root@PC1 test02]# awk '{print exp($1)}' a.txt ## 幂函数 8103. 阅读全文

posted @ 2023-07-13 21:35 小鲨鱼2018 阅读(234) 评论(0) 推荐(0)

公告