小鲨鱼2018

2023年7月2日

摘要： 001、数据（山羊ARS1的gff文件）脚本如下： (base) [b20223040323@admin2 001_standard_gff_file]$ cat record.sh #!/bin/bin ## step1: eliminate the influence of pseudoge 阅读全文

posted @ 2023-07-02 22:27 小鲨鱼2018 阅读(644) 评论(0) 推荐(0)

ggplot2中手动调整颜色

摘要： 001、基础绘图 ggplot(data=mtcars, aes(x=mpg, y=disp, color=factor(cyl))) + geom_point() 02、手动调整颜色 ggplot(data=mtcars, aes(x=mpg, y=disp, color=factor(cyl)) 阅读全文

posted @ 2023-07-02 09:44 小鲨鱼2018 阅读(418) 评论(0) 推荐(0)

2023年7月1日

linux 中 M-BM- 字符的处理

摘要： 001、测试数据 [root@PC1 test]# ls aa.txt [root@PC1 test]# cat aa.txt Qinghai Qinghai shandong Shanghai shanxi [root@PC1 test]# cat -A aa.txt Qinghai$ Qingh 阅读全文

posted @ 2023-07-01 21:02 小鲨鱼2018 阅读(174) 评论(0) 推荐(0)

2023年6月30日

linux 中输出特定列指定字符连续重复的行号

摘要： 001、 [root@PC1 test02]# ls a.txt [root@PC1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 333 kkk gene 777 1 333 kkk exon 777 2 333 kkk exon 777 3 333 kkk gene 777 4 333 阅读全文

posted @ 2023-06-30 09:26 小鲨鱼2018 阅读(58) 评论(0) 推荐(0)

2023年6月25日

根据SRA号和参考基因组统计测序的X数

摘要：以SRR1770413 为例： 001、测序的碱基数目测序碱基数目为：387.2M。 002、参考基因组的大小 a、下载参考基因组，并统计基因组的大小 [root@PC1 test01]# ls GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz [root@PC1 t 阅读全文

posted @ 2023-06-25 00:00 小鲨鱼2018 阅读(50) 评论(0) 推荐(0)

2023年6月24日

如何统计参考基因组的大小

摘要：以绵羊为例： 001、下载绵羊参考基因组 a、 b、 [root@PC1 test02]# wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/016/772/045/GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0/GCF_01677 阅读全文

posted @ 2023-06-24 23:48 小鲨鱼2018 阅读(215) 评论(0) 推荐(0)

2023年6月23日

python 中 Bio中SeqIO模块处理fastq数据

摘要： 001、输出fastq的ID [root@PC1 test02]# ls a.fastq test.py [root@PC1 test02]# cat a.fastq ## 测试fasq数据，一共两个reads @SRR8442980.988/2 AAGG + :FFF @SRR8442980.11 阅读全文

posted @ 2023-06-23 23:57 小鲨鱼2018 阅读(400) 评论(0) 推荐(0)

linux 中shell脚本实现统计每一个read的长度

摘要： 001、 [root@PC1 test02]# ls test.fastq [root@PC1 test02]# cat test.fastq ## 测试fastq数据 @SRR8442980.988/2 AAGG + :FFF @SRR8442980.988/2 AAGGTC + :FFF:, @ 阅读全文

posted @ 2023-06-23 23:05 小鲨鱼2018 阅读(71) 评论(0) 推荐(0)

Source distributions 和 Binary distributions:

摘要： 001、阅读全文

posted @ 2023-06-23 19:08 小鲨鱼2018 阅读(37) 评论(0) 推荐(0)

Could NOT find ZLIB (missing: ZLIB_LIBRARY ZLIB_INCLUDE_DIR)

摘要： 001、问题 cmake 报错 [root@PC1 build]# cmake .. 002、解决方法，下载zlib并安装官网：http://www.zlib.net/ a、下载 b、解压并安装 [root@PC1 software]# tar -xzvf zlib-1.2.13.tar.gz 阅读全文

posted @ 2023-06-23 19:05 小鲨鱼2018 阅读(2129) 评论(0) 推荐(0)

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