小鲨鱼2018

2023年8月16日

摘要： 001、在种质资源的群体变异与性状挖掘研究中, 通常需要借助1个参考基因组, 通过将重测序数据比对到参考基因上来鉴定个体间的遗传变异(Huang et al.,2012)。这种变异鉴定的方法受制于参考基因组序列及其与检测个体间的相似性, 参考基因组缺失的基因组信息以及与比对个体差异较大区域的信息将阅读全文

posted @ 2023-08-16 18:07 小鲨鱼2018 阅读(98) 评论(0) 推荐(0)

基因组组装质量的评价

摘要： 001、。 reference 祝光涛,黄三文.360度群体遗传变异扫描——大豆泛基因组研究[J].[2023-08-16].DOI:10.11983/CBB20096. 阅读全文

posted @ 2023-08-16 17:48 小鲨鱼2018 阅读(42) 评论(0) 推荐(0)

基因组组装技术的发展

摘要： 001、注： 01、Pacific Bio-sciences (PacBio)和Oxford Nanopore)：长片段单分子测序技术 02、BioNano genome mapping：辅助组装技术 03、High-throughput chromosome conformat 阅读全文

posted @ 2023-08-16 12:02 小鲨鱼2018 阅读(48) 评论(0) 推荐(0)

2023年8月15日

动物育种技术的发展应用

摘要： 001、。阅读全文

posted @ 2023-08-15 11:35 小鲨鱼2018 阅读(79) 评论(0) 推荐(0)

物种的遗传变异

摘要： 001、。阅读全文

posted @ 2023-08-15 10:44 小鲨鱼2018 阅读(22) 评论(0) 推荐(0)

2023年8月14日

。。

摘要： 001、阅读全文

posted @ 2023-08-14 22:40 小鲨鱼2018 阅读(20) 评论(0) 推荐(0)

线性泛基因组和图形泛基因组

摘要： 001、线性泛基因组仅仅包含序列信息，源于不同个体的变异信息被丢失。迭代组装、map-to-pan、个体de novo组装的泛基因组均是线性泛基因组。 002、图形泛基因组图结构泛基因组是一个二维序列图谱，它以参考基因组为框架，以单个碱基作为图的节点，碱基间的前后关系作为图的边，存在序列差异的阅读全文

posted @ 2023-08-14 22:23 小鲨鱼2018 阅读(419) 评论(0) 推荐(0)

开放泛基因组和闭合泛基因组

摘要：判定基因组为开放泛基因组和闭合泛基因组的依据：根据泛基因组中核心基因组的比例，将泛基因组分为开放型和闭合型两种。基于泛基因组大小随测序样本数目的变化趋势，泛基因组可分为闭合型和开放型两类。开放型泛基因组和闭合型泛基因组的根本区别在于增加样本数目后，泛基因组的大小是否会持续的增加。 001、阅读全文

posted @ 2023-08-14 20:56 小鲨鱼2018 阅读(399) 评论(0) 推荐(0)

泛基因组的概念

摘要： 001、基本概念 Tettelin 等在2005 首次在细菌的研究中提出泛基因组(pan-genome)的概念，指整个物种基因组序列的非冗余集合，其中包括存在于该物种几乎所有个体中的核心基因组(core genome)和仅在部分个体中存在的可变基因组(accessory/variable/dis 阅读全文

posted @ 2023-08-14 17:08 小鲨鱼2018 阅读(568) 评论(0) 推荐(0)

泛基因组中核心序列和可变序列

摘要： 001、基本分类 01、为什么核心基因不是100%？核心基因从概念上讲是所有个体中都存在的基因，但是实际的测序过程中难以保证所有个体的每个DNA片段都有很好的测序质量，为了避免这种少部分个体部分片段未测出，遗漏核心基因的统计和分类，使用一个比例范围更可取。 02、为什么要有cloud 这个分类？阅读全文

posted @ 2023-08-14 17:04 小鲨鱼2018 阅读(242) 评论(0) 推荐(0)

公告