linux shell - 随笔分类(第75页) - 小鲨鱼2018

linux系统删除指定的行（sed命令）

摘要：1、使用vim创建测试数据 a.txt [root@linuxprobe test]# cat a.txt 1 w e t 2 s f h 3 z c g 4 e a g 5 a f w 6 k h d 7 w f r 2、删除指定的行 [root@linuxprobe test]# sed '3d 阅读全文

posted @ 2020-10-03 12:15 小鲨鱼2018 阅读(10523) 评论(0) 推荐(0)

linux 系统 awk命令提取奇数行、偶数行及整数倍行

摘要：1、创建测试数据 [root@linuxprobe test]# seq 20 > a.txt [root@linuxprobe test]# ls a.txt [root@linuxprobe test]# head a.txt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 2、提取奇数行 [root 阅读全文

posted @ 2020-10-02 09:50 小鲨鱼2018 阅读(3134) 评论(0) 推荐(0)

linux 系统sed命令如何提取奇数行、偶数行及整倍数行

摘要：1、创建测试数据 [root@linuxprobe test]# seq 30 > a.txt [root@linuxprobe test]# ls a.txt [root@linuxprobe test]# head a.txt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 2、提取奇数行 [root 阅读全文

posted @ 2020-10-01 23:29 小鲨鱼2018 阅读(3319) 评论(0) 推荐(0)

linux系统如何提取奇数列

摘要：1、遇到一个数据需要提取奇数列创建测试数据 [root@linuxprobe test]# seq -f %03g 60 | xargs -n 30 > test.txt[root@linuxprobe test]# seq -f c%02g 30 | xargs |cat - test.txt 阅读全文

posted @ 2020-10-01 23:12 小鲨鱼2018 阅读(780) 评论(0) 推荐(0)

linux系统如何提取奇数列

摘要：1、遇到一个数据需要提取奇数列 [root@linuxprobe test]# cat test.txtc1 c2 c3 c4 c5 c6 c7 c8 c9 c10 c11 c12 c13 c14 c15 c16 c17 c18 c19 c20 c21 c22 c23 c24 c25 c26 c27 阅读全文

posted @ 2020-10-01 23:09 小鲨鱼2018 阅读(611) 评论(0) 推荐(0)

Can't exec "epstopdf": No such file or directory 报错解决

摘要：1、运行perl程序遇到如下报错，Can't exec "epstopdf": No such file or directory 2、安装 epstopdf git clone https://github.com/lgong30/epstopdf.g cd epstopdf/ chmod +x 阅读全文

posted @ 2020-10-01 21:47 小鲨鱼2018 阅读(1306) 评论(0) 推荐(0)

sh: gnuplot: command not found 报错记录

摘要：1、sh: gnuplot: command not found 2、安装 yum install gnuplot 阅读全文

posted @ 2020-10-01 17:51 小鲨鱼2018 阅读(2859) 评论(0) 推荐(0)

linux系统中split命令

摘要：1、split命令用于分离文件创建测试文件： [root@linuxprobe test]# dd if=/dev/zero bs=1024 count=1000000 of=test.txt 1000000+0 records in 1000000+0 records out 102400000 阅读全文

posted @ 2020-09-28 23:50 小鲨鱼2018 阅读(950) 评论(0) 推荐(0)

java.io.FileNotFoundException: (Too many open files) gatk MarkDuplicates标记重复报错解决

摘要：1、使用gatk 对排序后bam文件进行标记重复出现如下报错：经过查询，是由于服务器对一次进程可以同时打开的文件数目有限制导致报错。可以通过Linux系统打开文件最大数量限制设置解决。 2、查看并设置linux系统打开文件最大数目 ulimit -n ulimit -n 10240 ulimi 阅读全文

posted @ 2020-09-27 13:59 小鲨鱼2018 阅读(924) 评论(0) 推荐(0)

linux系统 comm命令

摘要：1、comm 用于对两个文件取交集或者并集，用法 comm file1 file2，生成三列数据，第一列file1唯一的行，第二列file2唯一的行，第三列file1和file2共有的行创建测试数据 a.txt b.txt cat a.txt sss eee rrr 555 888 333 bb 阅读全文

posted @ 2020-09-26 15:47 小鲨鱼2018 阅读(1116) 评论(0) 推荐(0)

《Linux就该这么学》学习笔记 04

摘要：管道符、重定向和环境变量一、输入输出重定向 1>: 表示标准输出，1可以省略； 2> ：表示标准错误输出，2 一定不能省略。 > : 输出重定向，将清空原有的内容。 >>：输出重定向，将追加至原来文件的后面。 2、管道符：将上一个命令的标准输出作为下一个命令的标准输入。例：grep "/sb 阅读全文

posted @ 2020-09-26 13:40 小鲨鱼2018 阅读(135) 评论(0) 推荐(0)

linux hedhat8 安装 java环境

摘要：1、在使用gatk 构建索引文件过程中报错如下： 2、查看java java java --version echo $JAVA_HOMErpm -qa|grep jdk 发现没有安装java。 3、下载安装java 下载地址 https://www.oracle.com/java/technol 阅读全文

posted @ 2020-09-21 11:46 小鲨鱼2018 阅读(216) 评论(0) 推荐(0)

linux redhat8 /usr/bin/env: ‘python’: No such file or directory gatk安装报错解决方法

摘要：1、安装gatk-4.1.8.1遇到如下报错： 2、检测python 发现只有python3 3、为Python3建立软连接： 4、测试python 和 gatk 已经可以使用。阅读全文

posted @ 2020-09-20 21:36 小鲨鱼2018 阅读(909) 评论(0) 推荐(0)

samtools软件安装中 configure: WARNING: S3 support not enabled: requires SSL development files 的解决方法

摘要：1、samtools软件安装中遇到如下问题： ./configure 2、解决方法 yum install gcc gcc-c++ zlib zlib-devel openssl openssl-devel libtool -y 参考：https://www.cnblogs.com/clicli/p 阅读全文

posted @ 2020-09-18 16:26 小鲨鱼2018 阅读(565) 评论(0) 推荐(0)

samtools软件安装中 configure: WARNING: libcurl not enabled: library not found 的解决方法

摘要：1、samtools安装过程中遇到： ./configure 2、解决方法： yum -y install libcurl-devel 参考：https://www.cnblogs.com/vania/p/7081427.html 阅读全文

posted @ 2020-09-18 16:16 小鲨鱼2018 阅读(620) 评论(0) 推荐(0)

samtools软件安装中 configure: error: liblzma development files not found 报错的解决方法

摘要：1、安装samtools 软件中遇到如下错误： ./configure 2、解决办法： yum -y install xz-devel 参考：https://support.huaweicloud.com/topic/199412-5-Q 阅读全文

posted @ 2020-09-18 16:07 小鲨鱼2018 阅读(1937) 评论(0) 推荐(0)

samtools软件安装中 configure: error: libbzip2 development files not found 报错的解决方法

摘要：1、安装samtools软件过程中遇到如下错误： ./configure 2、解决办法： yum -y install bzip2-devel 参考：https://github.com/samtools/htslib/issues/702 阅读全文

posted @ 2020-09-18 15:56 小鲨鱼2018 阅读(2273) 评论(0) 推荐(0)

samtools软件安装中 configure: error: curses development files not found 报错的解决方法

摘要：1、安装samtoos软件过程中遇到如下报错： ./configure 2、解决方法，参考：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3249515&do=blog&id=1012337 yum -y install ncurses-devel 阅读全文

posted @ 2020-09-18 15:34 小鲨鱼2018 阅读(2909) 评论(0) 推荐(0)

redhat8 红帽8 bash: make: command not found...报错的解决方法

摘要：1、redhat8安装zlib库的时候遇到使用make命令报错：发现没有make命令： 2、通过查找参考 https://blog.csdn.net/m0_46622166/article/details/107812291 进行安装： yum -y install gcc automake a 阅读全文

posted @ 2020-09-18 14:55 小鲨鱼2018 阅读(2421) 评论(0) 推荐(0)

linux 系统如何给软件设置环境变量

摘要：安装软件后，如果不针对软件的可执行程序设置环境变量，则在每次使用软件时，均需要调用软件可执行程序的绝对路径，相对繁琐。以下以plink软件为例，将plink的可执行程序加入环境变量。 1、首先下载plink软件，http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/download.s 阅读全文

posted @ 2020-09-08 22:34 小鲨鱼2018 阅读(5069) 评论(0) 推荐(0)

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