liuhui0622

摘要： ``` # To activate this environment, use: # > source activate buddy # # To deactivate this environment, use: # > source deactivate buddy # ``` 阅读全文

摘要： ``` source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("impute") install.packages('WGCNA', dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/') ``` 阅读全文

摘要： ``` #!/usr/bin/python import sys from Bio import SeqIO # usage USAGE = "\nusage: python convert_fasta2phylip.py [input fasta file] [output phy file]\n" if len(sys.argv) !=3: print USAGE sys... 阅读全文

摘要： 待比对序列：包括 stop codon 在内，总长 46 aa。 其在基因组上的注释：总长 138 nt。 blast 比对结果： 阅读全文

摘要： http://kbportal.thomson.com/display/2/index.aspx?tab=browse&c=&cpc=&cid=&cat=&catURL=&r=0.2597772 http://jingyan.baidu.com/article/dca1fa6f7b6e4df1a44 阅读全文

摘要： sudo yum install pcre devel y 阅读全文

摘要： input list pairs input fasta run 该脚本运行结果作为 的输入文件 阅读全文

摘要： python 版本为 2.7.3，在用 pip 和 源代码都无法安装的情况下，用下述方法安装了 阅读全文

摘要： 用法： 输入文件为 fasta 格式文件，若输入文件中序列的 header 有 '+' 或 ' ' 号标记正负链，则带有 '+' 的序列保持不变，带有 ' ' 的序列反向互补； 若 header 没有 '+' 或 ' ' 号标记， 则默认按反义链处理。 阅读全文

摘要： 注：该脚本适用于序列不断开的情况 可用一下命令将折行的序列合并为一行 运行脚本 升级版，输入文件是 fasta 格式即可。用 Bio 中的 Seq.IO 解析 fasta 文件， 用 python 的内置函数 count() 的计算速度更快。 阅读全文