antiSMASH_v_5.1.1docker安装与使用

docker我个人觉得会是一种安装软件的趋势，免安装，不用繁琐的环境配置，不影响别的Pipeline.

发现好多software都存在docker or conda 安装模式，更有甚者仅仅提供docker 使用方法，eg : BiG-SCAPE or CORASON.

安装条件：

                1，Ubuntu 18.04.2 LTS ，

                 2，root权限

安装步骤：

                step1: 安装docker,

                    apt install docker

                    apt install docker.io
                     安装完成后然后键入： docker run hello-world  ，当出现如下截图，这说明安装成功：

 

               step2 : 使用antiSMASH docker 容器：

                    mkdir ~/bin # not required if you already have that

                    curl -q https://dl.secondarymetabolites.org/releases/latest/docker-run_antismash-full > ~/bin/run_antismash chmod a+x ~/bin/run_antismash

                    run_antismash <input file> <output directory> [antismash options]

                          使用 ~/bin/run_antismash  myfile.gbk outputdir  报错unable load 什么image就是你的镜像没有pull你需要手动pull

                     docker pull antismash/standalone:5.1.1

                         然后再使用就好了

ref:https://docs.antismash.secondarymetabolites.org/install/

    https://antismash.secondarymetabolites.org/