葬花朴

摘要： 起源！ 某天，我发现了Shiny这个东西，当时兴冲冲的尝试官网上各种各样的例子，最后发现这个东西似乎只能充当一个“玩具”。如果要在本地运行，它需要一个完整的R环境，这对相当一部分用户来说是极度不友好的。另外，Rstudio主张将Shiny部署在https://www.shinyapps.io/，但是 阅读全文

摘要： 1.scanpy.external.pp.mnn_correct 第一步：将表达量按细胞进行归一化：，计算细胞之间归一化后的Euclidean距离。 第二步：识别MNN（mutual nearest neighbors， 相互最近的邻居？）：假设两个batch，寻找batch1中每一个细胞的在bat 阅读全文

摘要： 原文pdf连接 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8644062/ 摘要 好的特征区分不同细胞类型 FEAST的特征选择结果可以提升聚类效果 Progress Challenge Demand Background 单细胞技术 细胞数据的聚类中 阅读全文

摘要： 原文pdf连接 摘要 Progress Challenge Demand Background Solve What How Effect 通过实际数据分析评估不同的策略组合 参考数据的影响以及参考数据的处理策略 提供了使用监督细胞分型方法的指南和经验法则 Result Study design M 阅读全文

摘要： 原文pdf连接 https://www.nature.com/articles/s41592-020-0935-4.pdf 摘要 区分单个细胞中新生的mRNA和之前就存在的mRNA 有效地标记新转录的具有 T 到 C 替换的 mRNA。 Progress Challenge Demand Backg 阅读全文

摘要： 原文pdf连接 https://www.nature.com/articles/s41467-020-17492-y#data-availability 摘要 食管鳞状细胞癌 (ESCC) 在世界的一些地理区域普遍存在。 ESCC发展呈现出从炎症到侵袭性癌症的多步骤致病过程；然而，这些过程中的关键是 阅读全文

摘要： 原文pdf连接 https://www.nature.com/articles/s41467-020-14766-3#Sec23 摘要 轨迹推断通过研究基因表达的动态变化，从根本上增强了单细胞 RNA-seq 研究。在轨迹推断的下游，重要的是发现（i）与轨迹中的谱系相关的基因，或（ii）谱系之间差异 阅读全文

摘要： 原文pdf连接： https://genomebiology.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13059-021-02341-y.pdf 摘要： 为了研究细胞状态变化的分子机制，一个关键的分析是沿着从单细胞 RNA 测序数据推断的拟时间识别差异表达 (DE) 阅读全文

摘要： WDL中文教程 原文连接：https://github.com/openwdl/wdl/blob/main/versions/1.1/SPEC.md#workflow-description-language-wdl 该教程基于工作流描述语言（Workflow Description Languag 阅读全文

摘要： Prograss Challenge demand background Dissociation-based single cell technologies cellular diversity constitutes tissue organization Spatially-resolved 阅读全文