BiomedParseData 数据集

 

 

Ophiuchus 论文实验主干使用 OCT 视网膜数据，对应包里： ✅ OCT-CME.zip 【最高优先级，必须下！】 剩下其余数据集是论文内多模态消融对比实验使用，按需选择，不用一次性全部解压下载（省磁盘！）

一、逐个对应 Ophiuchus 论文实验设置

论文《Ophiuchus: Incentivizing Tool-augmented "Think with Images"》评测两大板块：

1. 核心主实验（论文核心指标表格，最重要） 视网膜 OCT 分割任务 → OCT-CME.zip

就是你研究赛道：眼科 OCT 影像、黄斑水肿分割，整篇论文的标杆实验，复现指标必不可少。

2. 拓展消融实验（多模态通用医学分割，用来证明方法泛化性） 你目录里这些 zip 对应论文对比数据集：

• REFUGE.zip：眼底青光眼 OCT fundus（眼科补充数据集，同领域消融）
• DRIVE.zip：视网膜血管分割（眼底影像）
• AMOS22.zip、MSD.zip：腹部 CT 多器官
• ACDC.zip：心脏核磁
• LIDC-IDRI.zip：肺部 CT 结节
• CXR_Masks_and_Labels.zip：胸片
• PanNuke、GlaS：病理组织图像

二、结合你的磁盘配额紧张情况，分两档方案

方案 A：精准复现论文核心指标（推荐，最小存储开销）

只下载 + 解压 2 个包：

1. OCT-CME.zip（主任务，论文核心结果）
2. REFUGE.zip（眼科同类任务，辅助消融）

跑完这两个，你就能复现论文最关键的 OCT 实验表格数值。其余 CT、病理数据集可以后续需要消融实验再下载。

方案 B：完整复现论文全部消融、所有图表

全部数据集都需要，但是总容量极大（上百 GB）。 ⚠️ 你之前出现Disk quota exceeded，不建议一次性全部拉取。

三、关键避坑

1. 不要混淆：BiomedParseData 是训练 BiomedParse 模型本身的数据；OCT-CME 是Ophiuchus 智能体评测的测试数据集；两者用途不一样！
2. 操作建议： 先只解压 OCT-CME.zip，搭建 pipeline 跑完主实验，验证指标对齐。 其余数据集后续按需下载，避免磁盘爆满。

四、补充小知识

OCT-CME：黄斑囊性水肿 OCT 数据集，和你长期研究的眼科 OCT 方向完全匹配，也是整篇 Ophiuchus 论文重点展示效果的数据集。

数据集：https://www.modelscope.cn/datasets/microsoft/BiomedParseData