MS自带库建模+Lammps分子动力学模拟

1.MS建模

MS软件中新建一个example包，新建3D原子，点击bulid ，build polymers，homopolymer然后选择聚苯乙烯

1.1能量最小化

点击上方modules选择Forcite之后计算，选择中等质量，立场选择cvff，这软件对电脑性能要求高。

1.2几何优化

同能量最小化，用能量最小化后的.xsd文件进行，选择第二个几何优化

1.3动力学模拟

1.MS建模.xsd文件转lammps.data文件

首先导出为cor,car格式，之后用msi2工具转换成data
去lammps/bin目录下按shift+右键powershell打开，输入以下命令后生成data文件

2.编写in文件在lammps进行分子动力学模拟

初始化

units real
boundary p p p
atom_style full

bond_style harmonic
angle_style harmonic
dihedral_style harmonic
improper_style cvff
pair_style lj/cut/coul/long 10
kspace_style pppm 1.0e-4
read_data Polystrene.data

thermo 100
thermo_style custom step ebond eangle lx ly lz density

velocity all create 300 123456
minimize 1e-8 1e-8 1000 1000
write_data min.data

dump 1 all custom 100 annealing1.lammpsstrj id type x y z
dump 2 all custom 100 annealing2.lammpsstrj id type xu yu zu

fix 1 all npt temp 300 500 100 iso 1 1 1000 drag 2
run 5000
unfix 1

fix 1 all npt temp 500 500 100 iso 1 1 1000 drag 2
run 5000
unfix 1

fix 1 all npt temp 500 300 100 iso 1 1 1000 drag 2
run 5000
unfix 1

能量最小化