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摘要： 一个有效的数据降维的方法 t-SNE，类似PCA的主成分降维分析。 参考： t-分布邻域嵌入算法（t-SNE algorithm）简单理解 t-SNE初学 很好的教程：An illustrated introduction to the t-SNE algorithm 有点复杂额 阅读全文

摘要： 单细胞流程跑了不少，但依旧看不懂结果，是该好好补补了。 有些人可能会误会，觉得单细胞的RNA-seq数据很好分析，跟分析常规的RNA-seq应该没什么区别。今天的这篇文章2015年3月发表在Nature Genetics Review上，专门说明了一下单细胞RNA测序数据在数据分析和计算上的挑战（虽然已经过去1年多了，这里指出的问题和挑战仍然是不过时的，至于这些问题和挑战现在是不是完美解决了，... 阅读全文

摘要： 10X Genomics已经广泛应用于单细胞测序、组装领域，现在也是火的不行。 10X Genomics原理 通过将来自相同DNA片段（10-100kb）的reads加上相同的barcode，然后在illumina平台上进行测序，从而实现长片段的测序。其基本原理是同一长片段的reads会具有同样的标 阅读全文