literature read write 论文代码阅读与写作

我：

文献是很好参考，Cell Nature Science 一般是高价值的参考，知道，思辨，用来自己这，解决问题，产出

当感觉领域内重要基础知识模糊了，这时候就从知网下载、读一篇领域内的国内硕、博论文，因为他们往往由于毕业论文的字数压力，会在研究内容前把知识基础列的详详细细。比如《基于Meta分析的生物大数据分析算法研究》

权威，常用软件的广泛应用如bwa、plink以及优秀的专业包，一定是对领域内研究应该怎么做 研究很精细的佼佼者，对应文献值得琢磨

通过gwas catalog等的到文献list，先下载、泛读文献摘要，找符合阅读目的的内容标记文献，刷一遍后，然后精读、细抠标记文献。

通读一遍，phase配图读；读的时候本子上记录核心的phrase有助于get点，通过写把握脉络图。

读文章在下载文章时，需要下载supplementary；先读文章，再浏览supplementary有助理解。

读了文章，趁着热乎就产出总结，如果不产出如写博客，转头就忘很正常。

要理解科研人，就理解他的文章。就好像友好一个人，从友好他孩子入手。

 感觉英文阅读和听说是助力科研很好的机油

复现文献是提升科研能力很好的方法，哪怕是局部复现，比如nature有为利于复现而建议作者开放代码和数据。 

在其他数据，自己项目数据上应用，思考。

搞懂、掌握一个优秀代码，好过读一本代码书

数字，数量级非常重要，不然就闹笑话，异常不靠谱.比如zb 1P与100T, 差之毫厘，却可以谬以千里 

 

刘心老师 

科研能力：

 1.理解科学的能力

 2.评判科学的能力

 3.提出科研计划的能力

 4.开展科学研究的能力

读文献的目的/用处包括：学习、借鉴（看别人怎么做的，立竿见影的效果）、这个方向研究进展、这个方向未来研究方向

科研文章的结构：标题、摘要、正文（结果、讨论、其他）、方法

标题命名分为两类：叙做了什么/结论发现什么

摘要包含文章的主要发现，结构上：1-2句背景，4-5句自己做的结果，1-2句自己做的工作意义。即为什么做、做了什么、结论是什么、意义是什么

引言：大的背景信息、存在什么问题、自己解决了什么问题

结果：{为了...，做了...,基于...我们得到...} 这样的反复前行内容

注：

大多数非本领域的论文文献，指需要读标题+摘要

读文献是写文章 「pre（准备科研阶段）、ing（开展科研阶段）、ed（写好）」的准备。（原话不充分：读文献是写文章最后的准备）

Nature分为Article（2.5k字数）和Article（短一些）。收费方式：版面费+基于彩图数量的收费，约1-2W/篇

 

陈若言老师

查找文献：

1.搜索引擎： 优先Google，Google scholar；其次必应。拒绝百度

2.数据库：NCBI、PubMed

3.Review往往是在零基础学习某一领域的初试选择。进一步研究深入需要read时间线的Article。一般要掌握一个领域具体方向的情况，需要泛读4-50篇article，即掌握这些文章各自讲什么。其中选择10篇左右精读

4.期刊的选择。原则是优先选择本刊，因为一般情况下能发本刊的论文，作者不会投在子刊。

5.关注发表时间，被引用量，尤其关注近5年的文章。

阅读文献方法：

1.标题和作者、作者单位(科研实力怎样，数据资源怎样) 

2.Abstract 往往是：现有进展；现有缺陷；我这文章结论，作用。

3.图表（figure legend） 好的文章，一般就3-5张图，其中有一张图最重要。且较好的文章，figure legend比较详细，只读图即可掌握文章，这也是发表较好的文章的注意点。

4.内容 ：

　　Background往往是Abstract第一句的扩充

　　Results是生物学结果

　　Method：（如果非方法学文章，可能放在最后）

　　Conclusion：

　　Discuss 承认不足，后续研究展望

5.Reference，扩充阅读目录库

阅读及写作软件推荐：

1. Endote 强在格式整理，格式切换。缺点是收费

2.Mendely 开源，文献整理和write都可以用

 

研究方案设计(set up project):

重要步骤：确定研究方向；调研文献；了解实验室背景和资源。需要外部资源时，先准备好Proposal(计划书)，拉合作会比较顺利

 

读

  参考价值的文章

 应用价值、参考价值的代码

产出：

  产出比较酷的文章，比较高价值的文章，比较高引的文章

  产出比较酷的代码，比较高下载应用的代码