支原体信息查询

 

 

1. 通用蛋白质数据库

• UniProt (https://www.uniprot.org/)

  • 提供支原体蛋白质的功能注释、亚细胞定位、结构域等信息，例如搜索“Mycoplasma pneumoniae P1 adhesin”可获取黏附蛋白的详细数据8。

• NCBI Protein (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein)

  • 输入支原体基因名（如“MOP30”“P50”），可获取氨基酸序列、基因ID、相关文献，部分条目含3D结构预测18。

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2. 支原体专用数据库

• Mycoplasma Genomics Database (http://mycoplasma.informatics.indiana.edu/)

  • 整合多种支原体的全基因组、代谢通路、毒力因子，支持基因与蛋白质的交叉查询6。

• VFDB（毒力因子数据库） (http://www.mgc.ac.cn/VFs/)

  • 收录支原体毒力相关蛋白（如黏附素P36、P46），标注其致病机制26。

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3. 结构数据库

• PDB（Protein Data Bank） (https://www.rcsb.org/)

  • 可查询已解析的支原体蛋白晶体结构（如支原体核糖体蛋白），支持3D可视化10。

• AlphaFold DB (https://alphafold.ebi.ac.uk/)

  • 提供支原体蛋白质的AI预测结构，例如搜索“Mycoplasma EF-P”获取延伸因子的预测模型3。

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4. 实验数据与文献

• PubMed (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/)

  • 检索支原体蛋白质研究论文（如“Mycoplasma immunogenic proteins”），获取Western blot、ELISA等实验数据38。

• GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)

  • 输入支原体基因登录号（如PRJNA1051969）下载蛋白质编码序列6。

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5. 生物信息学工具

• BLASTP (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)

  • 通过蛋白质序列比对，识别支原体蛋白的同源基因及功能保守域2。

• InterPro (https://www.ebi.ac.uk/interpro/)

  • 分析支原体蛋白的功能域（如信号肽、跨膜区），例如P50蛋白的抗原表位预测8。