2018 年 12月随笔档案 - saber_master

linux挂载硬盘

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posted @ 2018-12-21 15:23 saber_master 阅读(1) 评论(0) 推荐(0)

stringtie --merge的参数总算是调好了

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posted @ 2018-12-12 11:08 saber_master 阅读(0) 评论(0) 推荐(0)

tophat2 - cufflinks——参考原理

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posted @ 2018-12-06 18:38 saber_master 阅读(1) 评论(0) 推荐(0)

转录组可变剪切的拓展性文章 ——了解用

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posted @ 2018-12-06 17:21 saber_master 阅读(0) 评论(0) 推荐(0)

gff文件和gtf文件

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双端测序中R1和R2之间的关系

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posted @ 2018-12-06 16:47 saber_master 阅读(1) 评论(0) 推荐(0)

转录本亚型/同一个基因的不同转录本/可变剪切的结果

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Cufflinks和StringTie，eXpress表达定量分析

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posted @ 2018-12-06 15:36 saber_master 阅读(2) 评论(0) 推荐(0)

转移了文件

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posted @ 2018-12-06 13:48 saber_master 阅读(1) 评论(0) 推荐(0)

hisat2结果解析。sam.log文件

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posted @ 2018-12-05 19:41 saber_master 阅读(3) 评论(0) 推荐(0)

bbmerge的结果记录

摘要：Adapters counted: 144143Total time: 1548.035 seconds. Pairs: 50367942Joined: 9636485 19.132%Ambiguous: 40723752 80.853%No Solution: 7705 0.015%Too Sho 阅读全文

posted @ 2018-12-04 22:30 saber_master 阅读(254) 评论(0) 推荐(0)

HISAT, StringTie and Ballgown三件套——add to list

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posted @ 2018-12-04 22:23 saber_master 阅读(7) 评论(0) 推荐(0)

关于允许碱基错配

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⭐基本脚本改变：bbmap-rimmomatic-hisat2-samtools-cufflinks／bbmap-rimmomatic-hisat2-samtools-stringtie-GffCompare-ballgrown

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posted @ 2018-12-04 21:39 saber_master 阅读(6) 评论(0) 推荐(0)

转录组测序中生物学重复如何来设

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posted @ 2018-12-04 18:34 saber_master 阅读(0) 评论(0) 推荐(0)

不存在转录组的数据量比较小的生物，关键是测序深度

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posted @ 2018-12-04 17:34 saber_master 阅读(0) 评论(0) 推荐(0)

if fi

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posted @ 2018-12-04 17:29 saber_master 阅读(0) 评论(0) 推荐(0)

关于R1和R2

摘要：1 | 2 | 3 | 1 | 2 | 3 | 这是由外端往里首先：1是粘到flowcell的端头，2有index，来判断具体的条道和样品和重复，3是adapter是用来判断方向 R1和R2是同方向的测序，它们是反向互补的，包括adapter和cDNA 阅读全文

posted @ 2018-12-04 17:23 saber_master 阅读(1121) 评论(0) 推荐(1)

安装fastx_toolkit (gcc, pkg-config)

摘要：我需要其中的fastx-clipper，从官网下载 http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html 最新版本的软件用tar -jzf进行解压缩，解压缩之后，在文件夹中阅读README 得到提示：那就安装gcc https://blog. 阅读全文

posted @ 2018-12-03 21:14 saber_master 阅读(630) 评论(0) 推荐(0)

NGS数据的质量评估和reads的处理

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posted @ 2018-12-03 20:24 saber_master 阅读(0) 评论(0) 推荐(0)

关于bbmap软件的一次报错

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posted @ 2018-12-03 17:24 saber_master 阅读(1) 评论(0) 推荐(0)

去接头和过滤

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posted @ 2018-12-03 17:11 saber_master 阅读(0) 评论(0) 推荐(0)

记录12.2

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