saber_master - 博客园

2018年12月21日

linux挂载硬盘

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2018年12月12日

stringtie --merge的参数总算是调好了

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2018年12月6日

tophat2 - cufflinks——参考原理

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转录组可变剪切的拓展性文章 ——了解用

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gff文件和gtf文件

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双端测序中R1和R2之间的关系

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转录本亚型/同一个基因的不同转录本/可变剪切的结果

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Cufflinks和StringTie，eXpress表达定量分析

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转移了文件

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2018年12月5日

hisat2结果解析。sam.log文件

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2018年12月4日

bbmerge的结果记录

摘要： Adapters counted: 144143Total time: 1548.035 seconds. Pairs: 50367942Joined: 9636485 19.132%Ambiguous: 40723752 80.853%No Solution: 7705 0.015%Too Sho 阅读全文

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HISAT, StringTie and Ballgown三件套——add to list

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关于允许碱基错配

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⭐基本脚本改变：bbmap-rimmomatic-hisat2-samtools-cufflinks／bbmap-rimmomatic-hisat2-samtools-stringtie-GffCompare-ballgrown

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转录组测序中生物学重复如何来设

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不存在转录组的数据量比较小的生物，关键是测序深度

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摘要： 1 | 2 | 3 | 1 | 2 | 3 | 这是由外端往里首先：1是粘到flowcell的端头，2有index，来判断具体的条道和样品和重复，3是adapter是用来判断方向 R1和R2是同方向的测序，它们是反向互补的，包括adapter和cDNA 阅读全文

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2018年12月3日

安装fastx_toolkit (gcc, pkg-config)

摘要：我需要其中的fastx-clipper，从官网下载 http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html 最新版本的软件用tar -jzf进行解压缩，解压缩之后，在文件夹中阅读README 得到提示：那就安装gcc https://blog. 阅读全文

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NGS数据的质量评估和reads的处理

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关于bbmap软件的一次报错

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去接头和过滤

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2018年12月2日

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linux基本操作拓展

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2018年12月1日

免疫共沉淀- Wash Buffer / Lysis Buffer

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离心机的转速单位

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Ni-NTA 使用说明书（纯泰镍离子金属螯合亲与层析介质）

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2018年11月29日

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从RNAseq结果到差异表达

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FPKM，RPKM，TPM和RSEM

摘要：详细见孟叔的文章。阅读全文

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摘要： http://samtools.sourceforge.net/ 阅读全文

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转录本的可变剪切

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2018年11月28日

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hisat2,subjunc,star,bwa,bowtie2——比较

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salmon使用过程中出现问题——解决方案：

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RNA-Seq差异表达分析-扩展综述及新工具

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ExpressionSet 对象简单讲解

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