随笔分类 -  Linux

linux硬件、软件等
摘要:问题 cp 了一个shell脚本到另一个目录,运行报错 检查了上文及报错行,确认没问题,百思不得其解 原因 后文awk少了一个{,影响了上文的awk 阅读全文
posted @ 2021-11-09 11:20 Johnson海马体 阅读(55) 评论(0) 推荐(0)
摘要:运行大规模重测序数据的比对,需要大量计算资源,一次性提交服务器可能会崩溃,单个循环运行较慢,所以简单并行的实现极为重要。 阅读全文
posted @ 2021-08-24 11:37 Johnson海马体 阅读(201) 评论(0) 推荐(0)
摘要:摘要 产生的fasta文件中的序列名(header),如果是重复的或者是没有意义的,就需要批量对其进行更改,针对不同目的,有不同的软件进行处理,seqtk的rename模块可以重命名重复的header;seqkit的replace模块可以完全自定义的重命名。 使用方法 # header前缀修改为21 阅读全文
posted @ 2021-08-19 17:04 Johnson海马体 阅读(1546) 评论(0) 推荐(0)
摘要:摘要 上回用到LINKVIEW可视化染色体共线性,最后的PNG图片分辨率即使加了对应的调整参数(dpi)仍不高,软件先生成SVG再转化为PNG,所以可以自行转化为高质量的PNG。 找了一圈,linux上的ImageMagick的convert命令可以满足场景。 Use ImageMagick® to 阅读全文
posted @ 2021-08-17 14:51 Johnson海马体 阅读(631) 评论(0) 推荐(0)
摘要:背景 在CPU类型的服务器即使给到足够的运算资源,与GPU类型的服务器做运算来讲仍然是相差甚远,而本人有一台闲置的AMD vega8集显的电脑。想要用来做计算,来探究其与CPU运算的差别。 跟踪 网上查阅资料发现,大部分的用户都是安装NVIDA自家研究的CUDA,然后用作机器学习人工智能方面的运算。 阅读全文
posted @ 2020-10-27 10:26 Johnson海马体 阅读(614) 评论(0) 推荐(0)