随笔分类 -  生物信息学

摘要：换了系统后还没有运行过SICER，今天用bowtie 重新mapping 后去运行SICER，总是出错。检查了运行的报告，发现是python 的两个包没有安装。大意了。###############sudo apt-get install python-scipysudo apt-get insta... 阅读全文

摘要：高通两数据测序之后要map到基因组上，我通常用bwa bowtie和tophat 。其实我知道sam 文件有好几个field，每个field代表不同的意思，但是由于各种格式的文件确实太多了，我也记不住每个field具体的意思。每次要用的时候都是上网再去找，或者把相关的资料下载下来，再现学。 今天，... 阅读全文