数据分析-R语言学习笔记(一) R软件安装与使用初期

 声明：本阶段学习跟随B站up主“基因学苑”

一、常用命令

查看R包位置：.libPaths()

载入R包：library( packagesName )

查看包里有哪些函数以及参数等信息：help(package="XXX")

查看函数：help(函数名)

获取当前工作区间：getwd()

修改当前工作区间：setwd(“XXXXX”) 注意，这里先输一个斜杠再按tab键，路径是会自动列出的

清除当前对象：rm(XX)

library(ggplot2)
help(package="ggplot2")
help(ls)
getwd()
setwd("C:/Users/Administrator/R")

二、改变R包下载路径

R包在下载安装的时候，会存在两个位置，一个是二进制包的下载地址，一个是R包的安装地址。使用install.packages()命令进行安装，默认情况下首先从cran.rstudio.com网站上下载二进制安装包文件到Windows系统C盘下的临时文件夹downloaded_packages，然后解压校正安装到R语言（R3.6.2）安装路径下的library文件夹中（我的是D:\R\R-3.6.2\library）。

这里面涉及两个位置，一是R包的下载存储位置；二是R包的安装位置，这两个位置在install.packages()命令中都有定义，且都能修改。

全网都没有更改二进制包下载路径的办法，而且，看这个下载过程，解压后二进制文件包括这个文件夹会被删除，这个路径不需要更改。因此解压之后存放的位置比较重要，一下修改的也就是这个位置。

想更改R包下载路径(永久更改)，具体操作：

打开R安装目录下etc下的的Rprofile.site：


在该文件里面添加 setwd("XXXX") ，保存文件即可。

#set work directory what you want
setwd("D:\RsoftFile\Rwd")

 三、安装R包的方法

除了以上直接安装的方法，还可以借助BiocManager，有些生物信息相关的包install.packages是找不到的，此时就需要BiocManager。

首先安装BiocManager：

> install.packages("BiocManager")

然后就可以借助它安装R包了：

> BiocManager::install("ggplot2")

四、设置镜像

方法一是使用代码：

# 设置镜像：
options()$repos
options()$BioC_mirror
#options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos
options()$BioC_mirror

方法二是可视化操作：RStudio 中，Tools -> Global Options -> Packages，如下图：

 

五、生信常用R包

复制以下代码并运行即可：

# 生物信息学分析必备的一些R包，复制以下代码，直接运行即可；
rm(list = ls())
# 设置镜像：
options()$repos
options()$BioC_mirror
#options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos
options()$BioC_mirror

# 方法一：
options()$repos
install.packages('WGCNA')
install.packages(c("FactoMineR", "factoextra"))
install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr"))
library("FactoMineR")
library("factoextra")

# 方法二：
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)

# 方法三：从github中安装

# 所有的R包都提交上传到CRAN，如Github，需要通过一定的渠道进行安装
# R安装devtools包
install.packages("devtools")
library(devtools)
# 安装github上的R包（需FQ或改hosts）
devtools::install_github('lchiffon/REmap')
# 前为github的用户名，后为包名

# 测试--加载R包；
library(REmap)
library(GSEABase)
library(GSVA)
library(clusterProfiler)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(hgu133plus2.db)
library(limma)
library(org.Hs.eg.db)
library(pheatmap)