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随笔分类 -  bioinfo

Python .seq文件批量转.fas 并根据文件夹与文件名重命名
摘要：import os file_path=r'C:\Users\aklasim\Desktop\LAB\序列分割程序+结果\姬蠊py\part' pathDir = os.listdir(file_path) #folder=r'C:\Users\aklasim\Desktop\LAB\序列分割程序+ 阅读全文
posted @ 2021-09-04 17:31 impwa 阅读(310) 评论(0) 推荐(0)
转录组差异基因分析DESeq2
摘要：http://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.html#time-series-experiments 阅读全文
posted @ 2020-10-27 12:15 impwa 阅读(261) 评论(0) 推荐(0)
p_value
摘要：在测序数据中，我们经常能在差异统计表格看到P-value以及FDR值。而在生信数据的分析中，也会经常对P-value进行FDR校正。这么做的目的是什么，FDR校正的原理又是什么呢？首先我们来看 P-value的定义：在假设检验中，当原假设（H0）为真时，所得到的样本观察结果或更极端结果出现的概率。如 阅读全文
posted @ 2020-10-24 22:52 impwa 阅读(613) 评论(0) 推荐(0)
第一次差异分析
摘要：suppressPackageStartupMessages(library(ggpubr)) suppressPackageStartupMessages(library(ggplot2)) suppressPackageStartupMessages(library(ggrepel)) supp 阅读全文
posted @ 2020-10-23 16:31 impwa 阅读(338) 评论(0) 推荐(0)
fdr
摘要：1）对每个基因进行p-value的计算 假设观测到基因A对应的reads数为x，已知在一个大文库中，每个基因的表达量只占所有基因表达量的一小部分，在这种情况下，p(x)的分布服从泊松分布。已知样本一中唯一比对到基因组的总reads数为N1，样本二中唯一比对到基因组的总reads数为N2，样本一中唯一 阅读全文
posted @ 2020-10-20 11:34 impwa 阅读(700) 评论(0) 推荐(0)
rpkm&map
摘要：基因表达水平统计 基因表达水平一般是通过该基因转录的mRNA的多少来衡量的。每个基因转录产生的mRNA的量，是受到时空等多种因素调控的，个体在不同的生长发育阶段，或者不同的组织水平，基因转录出mRNA的量都是不一样的。 RPKM是利用RNA-Seq技术用来定量估计基因表达值的一个非常有效的工具。RP 阅读全文
posted @ 2020-10-19 20:46 impwa 阅读(617) 评论(2) 推荐(0)