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10 2020 档案

R nlminb() bootstraping自助
摘要：函数nlminb()在实际应用中，上面这三个基本函数在遇到数据量较大或分布较复杂的计算时，就需要使用优化函数nlminb()nlminb(start, objective, gradient = NULL, hessian = NULL, ...,scale = 1, control = list( 阅读全文
posted @ 2020-10-30 11:07 impwa 阅读(2012) 评论(0) 推荐(0)
R %in% ? merge() match()
摘要：#in > rc_24[1:5,] X24h.B3.1 X24h.B3.2 X24h.D.1 X24h.D.2 B3-1000001 1298 1176 1347 2165 B3-1000002 602 593 560 1030 B3-1000003 272 286 296 432 B3-10000 阅读全文
posted @ 2020-10-27 23:26 impwa 阅读(169) 评论(0) 推荐(0)
转录组差异基因分析DESeq2
摘要：http://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.html#time-series-experiments 阅读全文
posted @ 2020-10-27 12:15 impwa 阅读(275) 评论(0) 推荐(0)
p_value
摘要：在测序数据中，我们经常能在差异统计表格看到P-value以及FDR值。而在生信数据的分析中，也会经常对P-value进行FDR校正。这么做的目的是什么，FDR校正的原理又是什么呢？首先我们来看 P-value的定义：在假设检验中，当原假设（H0）为真时，所得到的样本观察结果或更极端结果出现的概率。如 阅读全文
posted @ 2020-10-24 22:52 impwa 阅读(662) 评论(0) 推荐(0)
p_value
摘要：在测序数据中，我们经常能在差异统计表格看到P-value以及FDR值。而在生信数据的分析中，也会经常对P-value进行FDR校正。这么做的目的是什么，FDR校正的原理又是什么呢？首先我们来看 P-value的定义：在假设检验中，当原假设（H0）为真时，所得到的样本观察结果或更极端结果出现的概率。如果P-value很小，说明原假设为真时，这个数据甚至更极端的数据出现的概率很小；而当P-value小... 阅读全文
posted @ 2020-10-24 22:51 impwa 阅读(440) 评论(0) 推荐(0)
第一次差异分析
摘要：suppressPackageStartupMessages(library(ggpubr)) suppressPackageStartupMessages(library(ggplot2)) suppressPackageStartupMessages(library(ggrepel)) supp 阅读全文
posted @ 2020-10-23 16:31 impwa 阅读(373) 评论(0) 推荐(0)
fdr
摘要：1）对每个基因进行p-value的计算 假设观测到基因A对应的reads数为x，已知在一个大文库中，每个基因的表达量只占所有基因表达量的一小部分，在这种情况下，p(x)的分布服从泊松分布。已知样本一中唯一比对到基因组的总reads数为N1，样本二中唯一比对到基因组的总reads数为N2，样本一中唯一 阅读全文
posted @ 2020-10-20 11:34 impwa 阅读(740) 评论(0) 推荐(0)
rpkm&map
摘要：基因表达水平统计 基因表达水平一般是通过该基因转录的mRNA的多少来衡量的。每个基因转录产生的mRNA的量，是受到时空等多种因素调控的，个体在不同的生长发育阶段，或者不同的组织水平，基因转录出mRNA的量都是不一样的。 RPKM是利用RNA-Seq技术用来定量估计基因表达值的一个非常有效的工具。RP 阅读全文
posted @ 2020-10-19 20:46 impwa 阅读(648) 评论(2) 推荐(0)
rpkm&map
摘要：基因表达水平统计基因表达水平一般是通过该基因转录的mRNA的多少来衡量的。每个基因转录产生的mRNA的量，是受到时空等多种因素调控的，个体在不同的生长发育阶段，或者不同的组织水平，基因转录出mRNA的量都是不一样的。 RPKM是利用RNA-Seq技术用来定量估计基因表达值的一个非常有效的工具。RPKM是Reads per Kilobase of13Transcript per Million Re... 阅读全文
posted @ 2020-10-19 20:43 impwa 阅读(374) 评论(0) 推荐(0)
s
摘要：2018 级植物保护专业培养方案一、专业简介植物保护专业为我国农林业可持续发展、农产品质量安全与生态环境安全、国际贸易与植物检疫等领域培养高素质人才。西南大学植物保护专业是其前身之一原西南农学院建校时最早设立的专业之一,文化底蕴深厚、师资力量雄厚、治学态度严谨、学科发展强劲，经过60 余年的建设与发展，成为国家首批特色专业、重庆市首批一流建设专业、重庆市本科高校“三特行动计划”特色专业和西南大学首... 阅读全文
posted @ 2020-10-19 09:19 impwa 阅读(157) 评论(0) 推荐(0)
python数据处理小函数集合
摘要：##.pop pop(index)方法是对可变序列中元素下标进行检索删除，返回删除值。list.pop(obj=list[-1]) //默认为 index=-1，删除最后一个列表值 ###remove(item)方法是直接对可变序中的元素进行检索删除，返回的是删除后的列表,不返回删除值（返回None 阅读全文
posted @ 2020-10-16 12:34 impwa 阅读(126) 评论(0) 推荐(0)
Jupyter Notebook 的快捷键
摘要：Jupyter Notebook 有两种键盘输入模式。编辑模式，允许你往单元中键入代码或文本；这时的单元框线是绿色的。命令模式，键盘输入运行程序命令；这时的单元框线是灰色。 命令模式 (按键 Esc 开启) Enter : 转入编辑模式 Shift-Enter : 运行本单元，选中下个单元 Ctrl 阅读全文
posted @ 2020-10-11 10:00 impwa 阅读(114) 评论(0) 推荐(0)
自由度degree of freedom
摘要：自由度是指当以样本的统计量来估计总体的参数时，样本中独立或能自由变化的数据的个数，称为该统计量的自由度。一般来说，自由度等于独立变量减掉其衍生量数。举例来说，变异数的定义是样本减平均值(一个由样本决定的衍生量)，因此对N个随机样本而言，其自由度为N-1。 数学上，自由度是一个随机向量的维度数，也就是 阅读全文
posted @ 2020-10-10 19:52 impwa 阅读(731) 评论(0) 推荐(0)