04 2019 档案

Mol Cell Proteomics. |马臻| psims-一个用于编写HUPO-PSI标准下的mzML和mzIdentML的python库
摘要：大家好，本周分享的是发表在MCP(MOLECULAR&CRLLULAR PROTEOMICS)上的一篇关于质谱数据处理和识别的文章，题目是psims - A Declarative Writer for mzML and mzIdentML for Python，通讯作者是波士顿大学的Joseph 阅读全文
posted @ 2019-04-22 17:45 ilifeiscience 阅读(1226) 评论(0) 推荐(0)
Mol Cell Proteomics. |赵赟| 全面地分析个人尿蛋白质组学的变化揭示出不同的性别变化
摘要：大家好，本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics上的一篇关于人的尿蛋白质组学的文章，题目是Comprehensive analysis of individual variation in the urinary proteome revealed signi 阅读全文
posted @ 2019-04-22 17:42 ilifeiscience 阅读(817) 评论(0) 推荐(0)
解读人：董鑫，Disease Development Is Accompanied by Changes in Bacterial Protein Abundance and Functions in a Refined Model of Dextran Sulfate Sodium (DSS)-Induced Colitis
摘要：文章中文名：在葡聚糖硫酸钠（DSS）诱导下的结肠炎模型伴随着细菌蛋白质丰度和功能的改变 单位： 1 Helmholtz-Centre for Environmental Research - UFZ, Department of Molecular Systems Biology,Leipzig, 阅读全文
posted @ 2019-04-19 14:36 ilifeiscience 阅读(657) 评论(0) 推荐(0)
解读人：陈秋实，SP2: Rapid and Automatable Contaminant Removal from Peptide Samples for Proteomic Analyses（标准操作流程2：如何在蛋白质组学分析中快速和自动的去除肽段样品中的污染物）
摘要：发表时间：2019年4月 IF：3.950 单位： 物种：人(人体肾脏细胞和蛋白) 技术：肽段清理 一、 概述：（用精炼的语言描述文章的整体思路及结果） 肽段清理对于去除在自下而上（也称为鸟枪法）蛋白质组工作流程中样品制备阶段可能引入的污染物很重要。近些年的研究表明在去除洗涤剂和聚合物污染时，相较于 阅读全文
posted @ 2019-04-19 11:42 ilifeiscience 阅读(356) 评论(0) 推荐(0)
解读人：林山云，Proteomic Identification of Protein Glutathionylation in Cardiomyocytes（心肌细胞蛋白质谷胱甘肽修饰的蛋白质组鉴定）
摘要：发表时间：（2019年4月） IF：3.950 单位：韦恩州立大学化学系 物种：小鼠心肌细胞 技术：谷胱甘肽修饰蛋白组学 一、 概述： 本研究采用化学选择性蛋白组学方法，鉴定出过氧化物诱导HL-1小鼠心肌细胞后的含有半胱氨酸特异位点谷胱甘肽修饰多肽1763个，经过生信分析发现125个与心肌疾病相关的 阅读全文
posted @ 2019-04-18 17:47 ilifeiscience 阅读(633) 评论(0) 推荐(0)
解读人：李思奇，Development of a sensitive, scalable method for spatial, cell-type-resolved proteomics of the human brain. (一种用于研究人类大脑基于空间或细胞类型的蛋白质组学的灵敏方法)
摘要：发表时间：（2019年4月） 一、 概述： 本文报道了一种可研究人类大脑组织中特定神经细胞的蛋白质组学的方法。作者通过激光捕获显微切割技术（LCM）从逝者大脑中分离出目的神经元细胞，接着尝试了一系列不同的样品收集方法，裂解液和酶解方法，最终从10 um厚，60,000 um2大小的小脑分子切片中鉴定 阅读全文
posted @ 2019-04-16 15:17 ilifeiscience 阅读(436) 评论(0) 推荐(0)
MCP|LQ|DIAlignR provides precise retention time alignment across distant runs in DIA and targeted proteomics
摘要：文献名： DIAlignR provides precise retention time alignment across distant runs in DIA and targeted proteomics（DIAlignR 为DIA和靶向蛋白质组学提供了准确的保留时间对齐的算法） 期刊名：M 阅读全文
posted @ 2019-04-15 10:40 ilifeiscience 阅读(399) 评论(0) 推荐(0)
MCP|ZWT|Precision de novo peptide sequencing using mirror proteases of Ac-LysargiNase and trypsin for large-scale proteomics（基于Ac-LysargiNase和胰蛋白酶的蛋白组镜像de novo测序）
摘要：一、概述 由于难以获得100%的蛋白氨基酸序列覆盖率，蛋白组de novo测序成为了蛋白测序的难点，由Ac-LysargiNase（N端蛋白酶）和胰蛋白酶构成的镜像酶组合可以解决这个问题并具有稳定性，这2种消化位点互补的酶能够产生目标蛋白的镜像b,y离子，基于镜像原理设计的算法pNovoM可用于蛋白 阅读全文
posted @ 2019-04-15 10:14 ilifeiscience 阅读(454) 评论(0) 推荐(0)
解读人：刘佳维，Spectral Clustering Improves Label-Free Quantification of Low-Abundant Proteins（谱图聚类改善了低丰度蛋白的无标记定量）
摘要：发表时间：（2019年4月） IF：3.95 单位： 对象：质谱无标记定量结果 技术：聚类分析 一、 概述：（用精炼的语言描述文章的整体思路及结果） 本文选择四个不同的数据集，分为基于谱图数计数和基于峰值强度计数的无标记定量两种情况，对谱图进行聚类算法分析，提高了低丰度蛋白的可检测性，并开发了可直接 阅读全文
posted @ 2019-04-15 10:14 ilifeiscience 阅读(415) 评论(0) 推荐(0)
解读人：李琼，Metabolic profiling of tumors, sera and skeletal muscles from an orthotopic murine model of gastric cancer associated-cachexia（胃癌相关恶病质的原位小鼠模型中肿瘤，血清和骨骼肌的代谢谱分析）
摘要：发表时间：（2019年4月） IF：3.950 单位： 物种：小鼠的肿瘤，血清和骨骼肌 技术：核磁共振代谢组学分析 一、 概述：（用精炼的语言描述文章的整体思路及结果） 本研究通过原位植入BGC823细胞系建立了GCC鼠模型，并对胃组织，血清和腓肠肌进行基于核磁共振的代谢组学分析。在肿瘤中鉴定出20 阅读全文
posted @ 2019-04-15 10:07 ilifeiscience 阅读(434) 评论(0) 推荐(0)
解读人：朱月琴，Hippocampal proteomic alteration in triple transgenic mouse model of Alzheimer’s disease and implication of PINK 1 regulation in donepezil treatment
摘要：文章中文名：阿尔茨海默病三联转基因小鼠模型的海马蛋白质组学改变及Donepezil治疗中PINK 1调节的意义 发表时间：（2019年4月） IF：3.95 单位：澳门大学，威斯康星大学，暨南大学，广东工业大学，深圳市疾控，北京大学深圳研究生院 物种：小鼠 技术：6-plex TMT蛋白质组学 一、 阅读全文
posted @ 2019-04-15 09:40 ilifeiscience 阅读(232) 评论(0) 推荐(0)
MCP|WJ|Identification of candidate plasma protein biomarkers for cervical cancer using the multiplex proximity extension assay(利用多重邻位延伸分析技术进行宫颈癌血浆蛋白候选生物标记物的鉴定研究)
摘要：文献名：Identification of candidate plasma protein biomarkers for cervical cancer using the multiplex proximity extension assay(利用多重邻位延伸分析技术进行宫颈癌血浆蛋白候选生物标 阅读全文
posted @ 2019-04-15 09:04 ilifeiscience 阅读(1209) 评论(0) 推荐(0)
MCP|LDY|Mass Spectrometry-based Absolute Quantification of 20S Proteasome Status for Controlled Ex-vivo Expansion of Human Adipose-derived Mesenchymal Stromal/Stem Cells（基于质谱技术的20S蛋白酶体绝对定量方法监控人体脂肪...
摘要：期刊名：Mol Cell Proteomics 发表时间：（2019年4月） IF：5.232 概述 20S蛋白酶体是一种多亚基蛋白质复合物，参与许多组织细胞生命活动过程。本研究基于SILAC标记的蛋白酶体的MRM技术，以监测人体不同组织细胞中20S蛋白酶体亚型的绝对表达量。并将这种高准确性的SIL 阅读全文
posted @ 2019-04-14 23:39 ilifeiscience 阅读(361) 评论(0) 推荐(0)
MCP|ZCM|Investigating Lactococcus lactis MG1363 response to phage p2 infection at the proteome level（研究乳酸乳球菌MG1363在噬菌体p2感染后的蛋白质组水平变化）
摘要：一、概述： 噬菌体是特异性感染并最终杀死其细菌宿主的病毒。他们在所有生态系统中发挥着关键的生态作用。尽管经过了几十年的研究，噬菌体与细菌宿主之间的相互作用仍然知之甚少。本研究使用无标记定量蛋白质组学来揭示乳酸乳球菌MG1363在噬菌体p2感染过程中的蛋白质组类型；还使用了CRISPR-Cas9技术选 阅读全文
posted @ 2019-04-14 19:45 ilifeiscience 阅读(497) 评论(0) 推荐(0)
解读人：刘杰，Targeted Quantitative Kinome Analysis Identifies PRPS2 as a Promoter for Colorectal Cancer Metastasis（PRM-磷酸化激酶定量发现结肠癌转移促进因子-PRPS2）
摘要：关键词：PRM，kinase，colorectal cancer, metastasis, PRPS2 来自加州大学河滨分校的Yinsheng Wang教授应用PRM技术筛选出介导结肠癌细胞转移促进因子-PRPS2激酶。这项研究于2019年3月25日发表于蛋白组学主流期刊Journal of Pro 阅读全文
posted @ 2019-04-14 18:46 ilifeiscience 阅读(511) 评论(0) 推荐(0)
MCP|MZL|Accurate Estimation of Context- Dependent False Discovery Rates in Top- Down Proteomics 在自顶向下蛋白组学中精确设定评估条件估计假阳性
摘要：一、 概述： 自顶向下的蛋白质组学技术近年来也发展成为高通量蛋白定性定量手段。该技术可以在一次的实验中定性上千种蛋白，然而缺乏一个可靠的假阳性控制方法阻碍了该技术的发展。在大规模流程化的假阳性控制手段中，假阳性的判断取决于蛋白鉴定的检索条件，包括谱图的质量，检索的数据库的大小，检索引擎，检索参数等。 阅读全文
posted @ 2019-04-14 17:03 ilifeiscience
MCP|DYM|Quantitative mass spectrometry to interrogate proteomic heterogeneity in metastatic lung adenocarcinoma and validate a novel somatic mutation CDK12-G879V (利用定量质谱探究转移性肺腺瘤的蛋白质组异质性及验证新体细胞突变)
摘要：文献名：Quantitative mass spectrometry to interrogate proteomic heterogeneity in metastatic lung adenocarcinoma and validate a novel somatic mutation CDK1 阅读全文
posted @ 2019-04-14 13:34 ilifeiscience 阅读(330) 评论(0) 推荐(0)
MCP|XN|Decreased Antibiotic Susceptibility Driven by Global Remodeling of the Klebsiella pneumoniae Proteome（肺炎杆菌通过整体重构蛋白质组降低抗生素敏感性）
摘要：文献名：Decreased Antibiotic Susceptibility Driven by Global Remodeling of the Klebsiella pneumoniae Proteome（肺炎杆菌通过整体重构蛋白质组降低抗生素敏感性） DOI：10.1074/mcp.RA11 阅读全文
posted @ 2019-04-13 23:12 ilifeiscience 阅读(236) 评论(0) 推荐(0)
MCP|BFY|Proteome Analysis of Human Neutrophil Granulocytes From Patients With Monogenic Disease Using Data-independent Acquisition（单基因疾病患者中性粒细胞的DIA蛋白质组分析）
摘要：文献名：Proteome Analysis of Human Neutrophil Granulocytes From Patients With Monogenic Disease Using Data-independent Acquisition（单基因疾病患者中性粒细胞的DIA蛋白质组分析） 阅读全文
posted @ 2019-04-13 19:17 ilifeiscience 阅读(362) 评论(0) 推荐(0)
MCP|XHK|High-density peptide arrays help to identify linear immunogenic B cell epitopes in individuals naturally exposed to malaria infection（高密度肽段阵列有助于在自然暴露于疟疾感染的个体中识别线性免疫原性B细胞表位）
摘要：文献名：High-density peptide arrays help to identify linear immunogenic B cell epitopes in individuals naturally exposed to malaria infection（高密度肽段阵列有助于在自 阅读全文
posted @ 2019-04-10 22:59 ilifeiscience 阅读(238) 评论(0) 推荐(0)
Some JPR highlights (JPR 2019 March)
摘要：Journal Name：Journal of Proteome Research Issue：2019 March Shared by: Weining Zhao 1. Acetylome: Zhuo Zhou et al from Zhejiang University profiled the 阅读全文
posted @ 2019-04-10 20:20 ilifeiscience 阅读(274) 评论(0) 推荐(0)
解读人：闫克强，Metabolic and gut microbial characterization of obesity-prone mice under high-fat diet（高脂饮食下易胖倾向小鼠的代谢和肠道微生物菌群特征分析）
摘要：单位： 技术：非靶向代谢组学，16S rRNA测序技术 一、 概述： 本研究对小鼠进行高脂饮食，根据体重增长率将其分为易胖类小鼠(OP)和不易胖小鼠(OR)。通过气相质谱对其血浆代谢物进行分析，同时利用16S rRNA测序的方法对其肠道微生物进行测序分析。在Con，OP，OR共鉴定到60种差异代谢物 阅读全文
posted @ 2019-04-10 11:30 ilifeiscience 阅读(837) 评论(0) 推荐(0)
解读人：谭亦凡，Macrophage phosphoproteome analysis reveals MINCLE-dependent and -independent mycobacterial cord factor signaling（巨噬细胞磷酸化蛋白组学分析揭示MINCLE依赖和非依赖的分支杆菌索状因子信号通路）（MCP换）
摘要：发表时间：2019年4月 IF：5.232 一、 概述： 分支杆菌索状因子TDM（trehalose-6,6’-dimycolate）能够与巨噬细胞C-型凝集素受体（CLR）MINCLE结合引起下游通路变化。本文对TDM处理的巨噬细胞磷酸化蛋白质组进行定量分析，发现了依赖于MINCLE的信号通路和M 阅读全文
posted @ 2019-04-10 10:32 ilifeiscience 阅读(829) 评论(0) 推荐(0)
MCP|LQD|Data-independent acquisition improves quantitative cross-linking mass spectrometry （DIA方法可提升交联质谱定量分析）
摘要：文献名：Data-independent acquisition improves quantitative cross-linking mass spectrometry （DIA方法可提升定量交联质谱分析） 期刊名：Mol Cell Proteomics 发表时间：（2019年4月） IF：5. 阅读全文
posted @ 2019-04-09 16:46 ilifeiscience 阅读(1179) 评论(0) 推荐(0)
解读人：范徉，Methylome and Metabolome Analyses Reveal Adaptive Mechanisms in Geobacter sulfurreducens Grown on Different Terminal Electron Acceptors（甲基化组学和代谢组学分析发现Geobacter sulfurreducens生长在不同电子终受体中的适应机制）
摘要：发表时间： （2019年4月） IF：3.950 单位： 物种：Geobacter sulfurreducens 技术：三代测序，GC-MS 一、 概述： Geobacter sulfurreducens乃一种能量代谢方式为化能异养的厌氧格兰仕阴性细菌，它在无氧条件下通过TCA循环消耗有机物产生电子 阅读全文
posted @ 2019-04-09 11:47 ilifeiscience 阅读(573) 评论(0) 推荐(0)