随笔分类 -  HPC

搭建高性能计算环境（十）、应用软件的安装之Wien2k
摘要：1，首先安装fftwtar xvf fftw-3.3.4.tar.gzcd fftw-3.3.4./configure --prefix=/opt/fftw-3.3.4 --enable-shared --enable-float --enable-mpi CC=icc F77=ifortmake... 阅读全文
posted @ 2014-11-22 19:45 iDove 阅读(2160) 评论(0) 推荐(1)
搭建高性能计算环境（九）、应用软件的安装之gaussian 09
摘要：高斯软件一般使用的都是编译好的二进制版，所以解压缩后设置一下环境变量就可以用了。cd /opttar xvf g09.tar.gz设置环境变量，添加到/etc/profile文件中，重新登录后生效。export g09root=/optsource $g09root/g09/bsd/g09.pro... 阅读全文
posted @ 2014-11-22 11:37 iDove 阅读(4328) 评论(0) 推荐(1)
搭建高性能计算环境（八）、应用软件的安装之gromacs
摘要：1，下载安装新版本的gcc（高版本的gcc只是推荐使用的，系统自带的gcc4.4照样能正常编译、运行）wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/gcc-4.8.2/gcc-4.8.2.tar.bz2tar xvf gcc-4.8... 阅读全文
posted @ 2014-11-21 10:55 iDove 阅读(3027) 评论(0) 推荐(0)
搭建高性能计算环境（七）、应用软件的安装之MS
摘要：1，上传软件包MaterialsStudio70.tgz、msi_7.lic到服务器上。2，安装ms一般会创建一个普通用户msi，软件安装在msi账号下。创建用户msi： useradd msi切换到msi用户： su – msitar xvf /opt/MaterialsStudio7... 阅读全文
posted @ 2014-11-19 22:03 iDove 阅读(6400) 评论(0) 推荐(0)
搭建高性能计算环境（六）、应用软件的安装之lammps
摘要：1，上传需要的软件包lammps-stable.tar.gz。2，解压缩并进入安装目录tar xvf lammps-stable.tar.gzcd lammps-30Oct143，如果需要reax、poems等模块，可以进入lib额外添加(标准安装可跳过此步骤)。cd lib/reax修改Make... 阅读全文
posted @ 2014-11-19 14:30 iDove 阅读(3134) 评论(0) 推荐(0)
搭建高性能计算环境（五）、应用软件的安装之Amber12
摘要：应用软件通常安装在/opt目录下，这样系统中的各个用户都能方便使用，下面的软件都将安装到/opt目录。1，上传需要的软件包Amber12.tar.gz、AmberTools13.tar.bz2、Amber12_GPU_Benchmark_Suite.tar.gz。2，进入/opt目录，解压缩Ambe... 阅读全文
posted @ 2014-11-19 10:36 iDove 阅读(2207) 评论(0) 推荐(0)
搭建高性能计算环境（四）、应用软件的安装之VASP
摘要：1，将需要的软件包上传vasp.5.2.12.tar.gz、vasp.5.lib.tar.gz、benchmark.Hg.tar.gz。2，创建vasp目录并解压软件包。mkdir /opt/vaspcd /opt/vasptar xvf ~/vasp.5.lib.tar.gztar xvf ~/v... 阅读全文
posted @ 2014-11-17 18:20 iDove 阅读(5529) 评论(2) 推荐(2)
搭建高性能计算环境（三）、安装intel编译器和mpi
摘要：很多计算软件都是要从源代码编译的，并且运行也需要mpi的支持，本节我们来安装intel编译器和openmpi。1、 Intel编译器的安装需要的软件包：parallel_studio_xe_2013_update2_intel64.tgz、License文件1）首先将软件包上传的Linux系统，可以... 阅读全文
posted @ 2014-11-17 11:44 iDove 阅读(17012) 评论(2) 推荐(0)
搭建高性能计算环境（二）、远程登录Linux服务器
摘要：一般操作Linux系统都是通过远程登录使用的，本节介绍几种远程登录Linux、上传下载文件的工具。1、 Secure Shell SSH简单方便、既能使用命令行登陆也能传文件，免费。打开SSH Secure Shell Client程序就能打开软件界面，点击Quick Connect输入远程Linu... 阅读全文
posted @ 2014-11-13 10:42 iDove 阅读(3059) 评论(0) 推荐(0)