项目一数据问题

多重匹配

alfalfa expression atlas data · Issue #128 · legumeinfo/datastore-issues

解决这个物种表达过低的问题

紫花苜蓿基因索引 1.2：用于研究紫花苜蓿亚种之间表达差异的网络可访问基因表达图谱 |BMC 基因组学 |全文

 

数据

https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA276155?show%20=%20%20reads

 

 

方法：

使用 FastQC v0.11.9 ( http://bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc )评估 RNA-Seq 数据质量，并使用 fastp v0.12.4 [ 39 ]过滤低质量序列。然后，使用 hisat2 v4.8.2 [ 40 ]将干净读段映射到苜蓿参考基因组上，并使用 Samtools 将 SAM 文件转换为 BAM 文件，然后使用默认参数对 BAM 文件进行排序 [ 41 ]。使用 FeatureCounts v2.0.1 为每个样本生成读段计数

https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9552516/

 

 

https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4492073/#Sec14