生信：一起读官方文档 featureCounts 篇

一起读官方文档 featureCounts 篇

featureCounts介绍

用于为高通量测序数据（例如 RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq 等）计数读取（reads）与注释特征（例如基因、转录本）的重叠。它是 Subread 软件包的一部分，特别适用于 RNA-seq 数据的基因表达量分析。

快速使用

featureCounts \
-a ../genome/genomic.gtf \ #指定基因组注释文件
-p \ #PE模式
-T 50 \
-o result/featureCounts_InOutput/matrix.txt \ #指定输出文件
STAR/*.sortedByCoord.out.bam #这指定了输入的 BAM 文件, 是STAR进行比对后的文件

参数说明

下面对几个常用的选项详细解释一下：

-a：指定基因组注释文件

-p：指定输入数据格式为PE模式（即双端测序数据）

-o：指定输出文件matrix.txt

在-o matrix.txt后面的参数跟上STAR比对后的BAM文件

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