11 2014 档案

Uniprot Python API
摘要：简要回忆下，第一次使用是在大四，傻傻的用，老师教了一个定制所显示的列，就觉得神奇的不得了。uniprot 提供了可供编程的api，这样大大简化了处理流程。http://www.uniprot.org/help/programmatic_access不过，在进行batch retrieve时，没有提供... 阅读全文
posted @ 2014-11-27 20:30 林中细雨 阅读(1004) 评论(0) 推荐(0)
python goatools使用
摘要：用david搞定了所有的GOterm后，接下来就是利用goslim处理这些term。用的包是goatools，需要下载几个obo文件以及，fisher，pygraphviz以及graphviz等几个模块。# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Fri Nov 21 ... 阅读全文
posted @ 2014-11-25 16:55 林中细雨 阅读(2709) 评论(0) 推荐(0)
DAVID Web Service
摘要：开始是打算用protein gi number，获得他们的go term。 本来想用uniprot来解决，不过想需要convert ID，这其中会导致有的ID对应不正常，一是缺失了；而是一对多，或者多对一。数据至少还要重新整理一次。后来想到了david，先手动提交数据，而且要是多个物种的，他还不让整... 阅读全文
posted @ 2014-11-19 10:05 林中细雨 阅读(803) 评论(0) 推荐(0)
Chapter 8, Models from Scaling Arguments
摘要：看完了一遍，没有太大感觉。以后再补吧。 阅读全文
posted @ 2014-11-19 09:54 林中细雨 阅读(228) 评论(0) 推荐(0)
Chapter 7, Guesstimation and the Back of the Envelope
摘要：主要交了估计的方法和一些注意事项。应该是很有用，但是没仔细看啊。以后再说。 阅读全文
posted @ 2014-11-12 10:24 林中细雨 阅读(192) 评论(0) 推荐(0)
笔记Clustering by fast search and find of density peaks
摘要：---恢复内容开始---We propose an approach based on the idea that cluster centers are characterizedby a higher density than their neighbors and by a relativel... 阅读全文
posted @ 2014-11-08 17:38 林中细雨 阅读(1749) 评论(0) 推荐(0)
Intermezzo: A Data Analysis Session
摘要：# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Wed Nov 05 15:18:17 2014@author: dell"""import pandas as pdimport numpy as npimport datetimeimport matplotlib.pyp... 阅读全文
posted @ 2014-11-06 10:59 林中细雨 阅读(200) 评论(0) 推荐(0)
quiver
摘要：# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Tue Nov 04 21:22:29 2014@author: dell"""import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltx, y = np.meshgrid(np.li... 阅读全文
posted @ 2014-11-04 21:25 林中细雨 阅读(432) 评论(0) 推荐(0)
mosaic plot
摘要：http://nbviewer.ipython.org/github/EnricoGiampieri/dataplot/blob/master/statplot.ipynb没找到直接的接口的使用方法。上述连接。 阅读全文
posted @ 2014-11-04 21:06 林中细雨 阅读(272) 评论(0) 推荐(0)
stackplot
摘要：# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Tue Nov 04 15:46:32 2014@author: dell"""import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltif __name__ == '__main__... 阅读全文
posted @ 2014-11-04 18:03 林中细雨 阅读(1050) 评论(0) 推荐(0)
pandas, groupby
摘要：今天第一次用groupby# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Mon Nov 03 18:27:22 2014@author: Luo Hao at Tubic"""import pandas as pdif __name__ == '__main__': ... 阅读全文
posted @ 2014-11-03 19:12 林中细雨 阅读(547) 评论(0) 推荐(0)
Chapter Five, More Than Two Variables: Graphical Multivariate Analysis
摘要：False-Color Plots三变量方法表达，讲了一堆，没太仔细看。一些作图原则等等。# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Sun Nov 02 14:47:33 2014@author: Luo Hao at Tubic"""import matplotli... 阅读全文
posted @ 2014-11-02 14:47 林中细雨 阅读(330) 评论(0) 推荐(0)
ARIMA, Autoregressive Moving Average
摘要：http://statsmodels.sourceforge.net/devel/examples/notebooks/generated/tsa_arma_0.htmlhttp://statsmodels.sourceforge.net/devel/examples/notebooks/gener... 阅读全文
posted @ 2014-11-01 14:53 林中细雨 阅读(297) 评论(0) 推荐(0)
Chapter Four, Time As a Variable: Time-Series Analysis
摘要：the main components ofevery time series: Trend, Seasonality, Noise and Other. （大势，小周期，噪音和其他）。以下一段具体解释。The trend may be linear or nonlinear, and we may... 阅读全文
posted @ 2014-11-01 14:39 林中细雨 阅读(263) 评论(0) 推荐(0)
Exponentially Weighted Moving-Average
摘要：指数加权平均值 一下是基于pandas的。应该是和exponential smoothing or Holt–Winters method 是基于一个基础的。DEMO, 原址：http://connor-johnson.com/2014/02/01/smoothing-with-exponentia... 阅读全文
posted @ 2014-11-01 14:38 林中细雨 阅读(1365) 评论(0) 推荐(0)