Kraken2建库遇到的报错

Kraken2是用于物种分类的分析软件。

• 安装

mkdir -p ~/Software
cd ~/Software
git clone https://github.com/DerrickWood/kraken2
cd kraken2
sh install_kraken2.sh ~/Software/Kraken2/

• 建立GTDB数据库

kraken2-build --download-taxonomy --db ${GTDBTK_DB_PATH}
# ${GTDBTK_DB_PATH}是安装好GTDB-Tk后的环境变量，指向它要使用的数据库

• 下载Genomic library:

kraken2-build --download-library bacteria --threads 12 --db ${GTDBTK_DB_PATH}

这一步可能会报错:
rsync_from_ncbi.pl: unexpected FTP path (new server?) for https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/900/128/725/GCF_900128725.1_BCifornacula_v1.0
修改kraken2安装路径下的rsync_from_ncbi.pl脚本的46行（版本不一样可能行数有变化）：
if (! ($full_path =~ s#^ftp://${qm_server}${qm_server_path}/##))
ftp改https，改成：
if (! ($full_path =~ s#^https://${qm_server}${qm_server_path}/##))

如果报这个错：
rsync: failed to connect to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (130.14.250.7): Connection refused (111)
就在kraken2-build --download-library bacteria --threads 12 --db ${GTDBTK_DB_PATH}加一个--use-ftp;

依旧报错的话，就手动下载manifest.txt里的genomic.fna.gz，前缀加上ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/，用wget下载；

其他报错下次再写