学习笔记513—安装Freesurfer【centOS系统-hcc用户】

一、 下载Freesurfer软件（需要下载对应系统的软件版本）

https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.4.1/

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二. 在 /home/hcc下安装 FreeSurfer（root 或 hcc 都行）

1️⃣ 创建软件目录

mkdir -p /home/hcc/software

2️⃣ 解压（推荐用普通用户 hcc）

su - hcc
cd ~/download
tar -zxvf freesurfer-linux-centos8_x86_64-7.4.1.tar.gz -C /home/hcc/software

解压后应得到：

/home/hcc/software/freesurfer

三、配置环境变量（hcc 用户）

touch ~/.bashrc
vim ~/.bashrc

加入（:wq+回车键--> 保存并退出）：

export FREESURFER_HOME=/home/hcc/software/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

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生效：

source ~/.bashrc

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四、放置 license

  1. 在官网申请注册后（[[https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html ]]），会收到一封邮件，里面就有license.txt
    image
  2. 将license.txt复制到安装路径下，
cp ~/download/license.txt $FREESURFER_HOME/

五、验证 license 是否生效

执行：

recon-all -version

如果 license 正确，你应该看到：

FreeSurfer v7.4.1

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六、通过T1数据（.nii格式文件），验证软件是否安装成功并可以使用

  1. 数据目录是：
/home/hcc/test/a290012/29008.nii       → DICOM 文件
/home/hcc/test/result          → 你希望存放 FreeSurfer 输出
  1. 单被试处理示例命令
export SUBJECTS_DIR=/home/hcc/test/result
mkdir -p $SUBJECTS_DIR

recon-all -i /home/hcc/test/a290012/29008.nii -s sub001 -all
  1. 解释：

  • -i → 指定 单个 NIfTI 文件

  • -s → 被试 ID

  • -all → 执行完整 pipeline

七、在本地电脑Termius运行的终端，防止关闭本地电脑或者关闭Termius软件，造成服务器终端运行程序中断，采用nohup方法：

  1. 处理命令：
nohup recon-all -i /home/hcc/test/a290012/29008.nii -s sub001 -all > $SUBJECTS_DIR/sub001.log 2>&1 &
  1. 解释：

  • nohup → 忽略挂起信号，即使你退出 SSH，程序继续运行

  • sub001.log 2>&1 → 保存 stdout 和 stderr 到日志文件

  • & → 放到后台运行

  1. 查看进程：
ps -u hcc | grep recon-all
  1. 查看运行日志：
tail -f /home/hcc/test/result/sub001.log

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八、注意事项：

  1. 如果software文件没有读取权限，需要切换到root权限，

    1. 切换到root: su
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    2. 执行：chown -R hcc:hcc /home/hcc/software

    3. 检查：ls -ld /home/hcc/software
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  2. 如果有残留的文件，需要删除：

    1. 执行：rm -rf /home/hcc/software/freesurfer

  3. 如果没收到包含license.txt的邮件，可以将注册后的这句话保存至新建license.txt文件中，
    If you do not receive the email -- common to many destinations in China -- then save the lines below to a file named **license.txt** in the directory pointed to by the **$FREESURFER_HOME** environment variable set during the software install. Be careful to save the lines in a Linux text format file and not a Windows or Mac format. 13***9@qq.com 3**12 *COT0NDZofHvc FS***EiyL2 MXTR/k3pJm*****pQ9D/0HJIg7VrxI=
    解决办法： 创建 license 文件
    a. 用你当前 hcc 用户执行：
    vim $FREESURFER_HOME/license.txt
    b. 然后把这句话的内容 全部粘贴进去
    c.保存退出后，可以检查:
    cat $FREESURFER_HOME/license.txt

posted @ 2026-01-19 14:30  何弈  阅读(1)  评论(0)    收藏  举报
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