WGCNA包

无尺度网络和阈值

https://www.sci666.com.cn/57941.html

WGCNA有了相关性矩阵为什么还要计算拓扑矩阵？

https://www.sci666.com.cn/58128.html

WGCNA分析是如何找出基因模块的？

https://www.sci666.com.cn/58731.html

WGCNA中的eigengene有什么重要意义呢？

https://www.sci666.com.cn/59227.html

总结

一般流程

• 调试软阈值
• 计算邻接矩阵
• 计算TOM矩阵，转换dissTOM矩阵
• hclust，层次聚类树
• 动态杂合分割，聚类
• 计算module eigengene值，根据gene 与 eigengene的想关性设置阈值，过滤gene
• 将过滤后的gene-sample矩阵再执行上述步骤，直到干净。