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超算中心账户使用


提交任务

方法一:按照普通服务器使用方法提交任务

  比如要提交的可执行命令是 run,在 209 的服务器上,提交方法是  nohup ./run > out.txt & ,如果是要杀死该进程,可以使用  ps rucx  查看当前程序的 PID,再使用  kill -9 PID  命令杀死该进程即可。

  但是,超算中心工作人员告知我, 直接提交是在 ln01 节点进行计算,性能要差一些,且不能调用多个节点。调用多个节点计算是需要事先声明的。

方法二:使用 qsub 提交任务

  编写简单的 shell 文件,比如

1 #!/bin/bash
2 
3 cd /home/201767000006/hanX/tac_cdft_0.20
4 /home/201767000006/hanX/tac_cdft/run > 0.20_45.txt

  这里第 3 行的进入某文件夹是需要的,否则会报错。但是超算中心的工作人员表示不允许这么提交任务

方法三:使用 pbs 脚本提交任务

1 #PBS -N run0.40
2 #PBS -l nodes=1:ppn=1
3 #PBS -l walltime=999:00:00
4 #PBS -q cu
5 #PBS -V
6 #PBS -S /bin/bash
7 
8 cd /home/201767000006/hanX/tac_cdft_0.40
9 /home/201767000006/hanX/tac_cdft/run > 0.40_45.txt

  其中第 1 行,设置程序名称;第二行,设置程序运行调用的资源,其中  nodes=1  表示调用一个节点, ppn=1  表示调用1个核,第 3 行表示申请的运行时间;第 4 行表示申请使用的节点名称;第 5 行暂且不管,默认如此;第 6 行设置识别 /bin/bash 命令;第 8 行进入程序所在的文件夹;第 9 行运行程序。注意,这里进入文件夹,以及使用绝对路径的命令都是必须的,否则是会报错的。

  并行的程序是可以调用多个节点,多个核的,但是串行的程序不建议调用多个节点,因为节点与节点之间的通信需要时间,串行的程序也可以调用多个核,但是运行效率未必就是调用多个核更好,一般来说,串行的程序使用单核跑要比多核跑快。

  写完该脚本后,使用  qsub han.psb  在终端提交任务即可。

 

 查看任务与 kill 任务

  使用  qstat  查看当前有哪些进程正在运行

1 Job ID                    Name             User            Time Use S Queue
2 ------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
3 24267.mu01                 run              201767000006    00:35:10 R cu             
4 24270.mu01                 run0.40          201767000006    00:15:42 R cu

  如果要 kill 一个 run 这个进程,使用  qdel 24267  即可。

posted on 2022-02-09 16:46  hanX3  阅读(286)  评论(0编辑  收藏  举报