常用方法工具

FINEMAP

• 【Finemap】|【PAINTOR】|【SOJO】|【PolyFun】

COLOC

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"X"WAS

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• XWAS

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GENE_BASED

• 【MAGMA】|【E-MAGMA】|【H-MAGMA】|【N-MAGMA】|【GCTA】|【PASCAL】|【LDAK-GBAT】

多性状分析

• 【MTAG】|【MTAR】|【PLACO】|【PLEIO】|【conFDR】|【ASSET】|【PolarMorphism】|【bGWAS】|【multivariate_GWAMA】

遗传相关

• 全局遗传相关
• 【LDSC】|【HDL】|【LDAK】|【LD-HUB】
• 区域遗传相关
• 【LOGODetect】|【HESS】|【SUPERGNOVA】|【GNOVA】|【LAVA】

遗传重叠

• 【MIXER】|【GPA】|【GGPA】|【GPATree】
  效应一致性：SECA
  遗传差异：CCGWAS

因果推断

• 【TwoSampleMR】|【lhcMR】|【LHC-MR_v2】|【CAUSE】|【LCV】|【GenomicSEM】
• 【nlmr】|【非线性MR:PolyMR】|【SUMnlmr】

多基因风险

• 【PolyFun】|【RPS 教程】|【PRSice-2】

富集分析

• gene功能富集
• 【Metascape】|【David】|【g:Profiler】|【Reactome】
• gene组织富集
• 【TSEA】|【deTS】|【CoCoNet】|【Tissueenrich】|【WebCSEA】
• SNP富集
• 【PCGA】|【GARFIELD】|【FORGE2】|【GAUSS】|【FUMA】|【Depict】

SNP注释

• 【FUMA GWAS】|【ANNOVAR】|【VARAdb】|【VannoPortal】|【3D SNP】|【Gwas4d】|【HaploReg V4.1】|【RegulomeDB，CADD】

基因注释

• 【MedlinePlus】|【HUGO】

视图工具

• 【Evenn】|【Jvenn】
• 【CMplot】|【ManhattanPlot】|【Manhattan++】
• 【RIdeogram】
• 【LocusZoom】
• 【NCBI-view】

小工具

• SNPnexus
• CrossMap