TWAS--FUSION相关软件(LDSC plink2R) 安装常见错误及解决方法

【以下问题是在虚拟机ubantu18.04上操作是遇到的问题】

安装转换GWAS summary data.txt文件为.sumstats文件的软件LDSC：

• 1、git clone 下载提示错误：

error: RPC failed; curl 18 transfer closed with outstanding read data remaining
fatal: The remote end hung up unexpectedly
fatal: early EOF
fatal: index-pack failed

原因：git clone 缓存不够，网速限制
解决方法：增加postBuffer ： git config --global http.postBuffer 5242880000（5000 * 1024 * 1024），这里给了5G，可视情况而定，下载时关闭其他应用

• 2、./munge_sumstats.py -h 提示错误：

File "./munge_sumstats.py", line 583
    if args.daner_n:
TabError: inconsistent use of tabs and spaces in indentation

原因：对比ldsc环境已安装的包与environment.yml文件里的包之间的差异，发现环境ldsc中缺少scipy包
解决方法：conda install scipy

安装Fusion依赖plink2R

• plink2R有个问题就是plink2R无法在R3.6.1以上的版本中安装，并且此软件也不打算更新，而安装GitHub软件用到的R包devtools只能在R3.6.1以上的版本中运行！！！
• 之前有人对plink2R进行了改进，使得plink2R可以在R3.6.1以上版本中运行，可以使用下面的方法进行安装：

sudo apt install r-base=3.6.3-2
进入R
install.packages("devtools")
library(devtools)
devtools::install_github("carbocation/plink2R/plink2R", ref="carbocation-permit-r361")

• 但现在那个更改后的plink2R软件已被修改作者删除，所以需要使用plink2R可以试试以下操作：

• 有之前下载过修改后的plink2R包的话，可以直接放在R包目录下（.libPaths()），然后library(plink2R)，再按照提示安装依赖包即可，这是我之前下载的plink2R包（于2020年04月）[链接：(https://pan.baidu.com/s/1zi-LtpZRqHtY1cVCM8BGdA),提取码：opvx]
• 自己修改一下之前的plink2R包(可以参考这个回答> Windows环境下解决plink2R的安装error)
• 用另外的包，如BEDMatrix代替
• 换个方法吧，基于GWAS summary data的TWAS框架下有许多方法，如MetaXcan,UTMOST,MR-TJI等