BRIG:比较基因组并绘制圈图简易指南

BRIG是一款操作简单且功能强大的分析及可视化的软件，不需要复杂的命令行，属于图形化操作界面，对于用户友好，能够在一张图中展示近百个基因组扫描图或者完成图比较结果。
BRIG是由Java1.6编写的，使用BLAST进行基因组的比对分析并使用CGView进行图像的生成。

1 软件的安装：（一定要先安装Java哦）

JAVA下载地址：

BRIG下载地址：

https://sourceforge.net/projects/brig/

BLAST+下载地址：

BRIG软件解压后即可使用，JAVA和BLAST+则与其他桌面软件一样，简单安装后即可使用。

2 简单的应用:

2.1 所需的序列以fasta和gb格式为主，可以在NCBI上下载。

2.2 详细步骤：

2.2.1解压BRIG-x.xx-dist.zip，双击BRIG.jar，运行BRIG。通过Preferences>BRIG options，设置blast+软件路径

软件路径是bin文件夹，点击savesetting as default.

 

然后添加序列，在refenence添加参考基因，在下面选择所有序列所在的文件夹，导入所需的序列，注意路径绝对不能有中文

在下面的output选择输出的文件夹，点下一步

接下来是设置圈的信息，ring1就是第一圈，一般ring 1和ring2直接设置gc content和gc skew，就是下面的两个，选择一个圈，点击add data添加圈的信息，在legend text里面命名圈的名字

依次类推，将所有圈都放进去，一般参考基因放在最内圈或者最外圈
ring size设置圈的厚度，70,50是图例标签

如果有注释信息，则单独添加一个圈，按add custom features添加

 

在1里面选择添加注释信息的圈，就是最外的空圈，在2里面选择注释文件的格式，table是表格形式，需要在excel中做3列，起始碱基，结束碱基，名字，保存为制表符间隔的txt文件

3里面选择注释信息的形式，比如clockwise-arrow为箭头顺时针方向
在browse选择注释文件，点击下方的add添加
其余更多详细设置在如图所示，image options里面设置，该设置条目较多，我放在最后面的FAQ解释

设置完成后，点击下一步

 

 选择图片格式即可，Re-do是重新进行blast，直接点击submit，先进行blast比对，然后输出图片，完成！

3、image options设置

1、图上有些注释未显示名字？

A：画布太窄，设置一下画布尺寸

 

2、改变图例位置？

A：

 

 

3、有反向注释链怎么办？

A：

clockwise-arrow为顺时针，counterclockwise-arrow为逆时针，软件只能将方向反向，而不能自动识别反向链的长短，因此，遇到反向链，需要单独改为从小到大，导入时选择逆时针即可

 

4、有阴影

 A：

 

 

5、注释有位置信息？

A：这个关掉就行

 

 

后续再用到这个软件我会再添加~

posted @ 2021-11-09 10:01  风白君  阅读(2345)  评论(0)    收藏  举报