基因组相关名词解释(4)

mRNA(message RNA):信使RNA，是由编码区（CDS）、上游5’非编码区和下游3’非编码区组成，真核生物的mRNA5’端带有7-甲基鸟苷-三磷酸帽子结构，3’端有多腺苷酸尾巴，但NCBI中的mRNA序列世界上是cDNA序列，即经过反转录得到的与mRNA互补的DNA序列，一般不包括’端有多腺苷酸尾巴。一个cDNA序列被称为一个转录子，第一个碱基所在的位置为转录起始位点（TSS），cDNA都是由外显子组成，但编码蛋白质的外显子只有一个，即CDS（coding sequence），这段序列也就是一个ORF区，也就是这个cDNA的ORF序列。参与特定基因转录及调控的TSS上游序列称为启动子（Promoter），如原核生物在转录起始位点上游-10有一段TATAAT的保守序列，有助于局部解链，在-35有一段TTGACA序列提供RNA聚合酶识别信号，真核生物上游-25到-30TATA决定起始位点，-75位置CAAT与RNA聚合酶，这些都是启动子，启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。

克隆可以简单理解为复制品，例如假设通过提取mRNA，反转录后得到cDNA序列，然后将这段序列转入载体，再通过划线不断的繁殖，就会得到许多装有这段cDNA序列的克隆，实验室为了方便，在给得到的这些克隆起名时，一般会取cDNA序列的名，但实际上在这个克隆里面不仅包括了这个cDNA，还包括了载体的DNA。

STS（sequence-tagged site）序列标记位点，是基因组上定位明确、作为界标并能通过PCR扩增被唯一操作的短的、单拷贝DNA序列，一般长度为200-500bp，一个DNA序列要成为STS，首先序列必须已知，能用PCR方法检测，第二STS必须在基因组上具有唯一的定位点。通过STS可以判断在不同条件下测序得到的DNA序列的准确性。

EST（expressed sequence tag）表达序列标签，是从一个随机选择的cDNA克隆，进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA序列。全基因组测序发现基因即昂贵又费时，因为基因组中只有2%序列编码蛋白质，因此可以对真正编码蛋白质的mRNA构建cDNA文库，对cDNA进行测序，得到EST序列，从而发现新基因。

ORF(Open reading frame), 表明这个DNA序列可能是一个基因，但具体的基因编码序列需要其他的内容来补充，因为这一段DNA序列按三联体密码子读可以有六种读法。如果明确这段DNA序列的启动子和终止子序列就可以明确这段序列的氨基酸信息。

 

cDNA序列与CDS序列差异

cDNA序列：互补DNA序列，指的是mRNA为在逆转录酶的作用下将形成DNA的过程。这个DNA即为cDNA序列，它没有内含子和外显子的区别，在原核生物中可以作为一个多肽的编码基因序列，但在真核生物内由于没有内含子，所以它不能完全作为一个多肽的编码基因序列。
CDS序列：编码序列,从起始密码子到终止密码子的所有序列。

 

参考来源：

科学网

Wikipedia