R 对某个文件夹下文件的批处理

R 是一个很不错的脚本语言，尤其是加入对正则表达式的支持（虽然跟perl 这类彪悍语言有差距，但是一般够用了）。之前做的项目要求把一个文件夹下的涉及某个群体的文件提取出来，当然，文件名就是这个群体的名称（正则表达式要大显神威啦）,例如，我的文件夹是/home/fuopen/Desktop/pop/,我要找文件夹下所有文件名带有“CEU_"的“.csv"文件,这些文件当然是按照数字递增顺序编号的啦（这里是22个），并且提取一部分内容存入一个列表。怎么实现呢，代码

如下：

read_pp<-function(pop_dir){##pop_dir is the argument that accept pathname,e.g:/home/username/Desktop/test/

　　pd<-list.files(pop_dir); ##list.files read the names including in the folder and store the names in character array pd

　　fceu<-pd[which(grepl("CEU",pd))]; ## find filenames which contains "CEU" in pd

　　lceu<-as.numeric(unlist(strsplit(unlist(strsplit(fceu,"CEU_")),".csv")));##get file index which contains "CEU_"

　　ceu<-vector(mode="list",length=22);##vector whose elements are list, the length of the vector is 22

　　for(i in 1:22){

　　　　pceu<-paste(pop_dir,fceu[which(lceu==i)],sep=""); ##get the file name again by their nature order 1,2,3......

　　　　tmp<-read.csv(pceu);

　　　　ceu[i]<-list(i,chr_end,list(chr_cen[[1]],chr_cen[[2]]),list(tmp[[2]],tmp[[3]],tmp[[6]],tmp[[7]]));##read some columns in the file to the list

　　}

　　ceu; ##return to the vector

}

 

这样就ok了，当然想删除指定文件名的操作也可以用类似的代码，非常方便，删除文件的 命令是：unlink。