随笔分类 -  R

R语言学习 - 线图一步法
摘要：首先把测试数据存储到文件中方便调用。数据矩阵存储在line_data.xls和line_data_melt.xls文件中 (直接拷贝到文件中也可以，这里这么操作只是为了随文章提供个测试文件，方便使用。如果你手上有自己的数据，也可以拿来用)。 profile = "Pos;H3K27ac;CTCF;E 阅读全文
posted @ 2017-08-30 22:44 弗雷赛斯 阅读(992) 评论(0) 推荐(0)
R语言学习 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）
摘要：箱线图 箱线图是能同时反映数据统计量和整体分布，又很漂亮的展示图。在2014年的Nature Method上有2篇Correspondence论述了使用箱线图的好处和一个在线绘制箱线图的工具。就这样都可以发两篇Nature method，没天理，但也说明了箱线图的重要意义。 下面这张图展示了Bar 阅读全文
posted @ 2017-08-30 19:13 弗雷赛斯 阅读(17781) 评论(0) 推荐(0)
R语言学习 - 线图绘制
摘要：线图是反映趋势变化的一种方式，其输入数据一般也是一个矩阵。 单线图 假设有这么一个矩阵，第一列为转录起始位点及其上下游5 kb的区域，第二列为H3K27ac修饰在这些区域的丰度，想绘制一张线图展示。 profile="Pos;H3K27ac -5000;8.7 -4000;8.4 -3000;8.3 阅读全文
posted @ 2017-08-30 17:49 弗雷赛斯 阅读(8181) 评论(0) 推荐(1)
R语言学习 - 热图美化
摘要：实际应用中，异常值的出现会毁掉一张热图。这通常不是我们想要的。为了更好的可视化效果，需要对数据做些预处理，主要有对数转换，Z-score转换，抹去异常值，非线性颜色等方式。 对数转换 为了方便描述，假设下面的数据是基因表达数据，4个基因 (a, b, c, d)和5个样品 (Grp_1, Grp_2 阅读全文
posted @ 2017-08-30 01:11 弗雷赛斯 阅读(5222) 评论(0) 推荐(0)
R语言学习 - 热图简化
摘要：绘制热图除了使用ggplot2，还可以有其它的包或函数，比如pheatmap::pheatmap (pheatmap包中的pheatmap函数)、gplots::heatmap.2等。 相比于ggplot2作heatmap, pheatmap会更为简单一些，一个函数设置不同的参数，可以完成行列聚类、 阅读全文
posted @ 2017-08-28 17:03 弗雷赛斯 阅读(3477) 评论(0) 推荐(0)
R中矩阵运算
摘要：# 数据产生 # rnorm(n, mean = 0, sd = 1) 正态分布的随机数（r 代表随机，可以替换成dnorm, pnorm, qnorm 作不同计算。r= random = 随机， d= density = 密度， p= probability = 概率 ， q =quantile 阅读全文
posted @ 2017-08-27 22:22 弗雷赛斯 阅读(1301) 评论(0) 推荐(0)
R语言学习 - 热图绘制heatmap
摘要：生成测试数据 绘图首先需要数据。通过生成一堆的向量，转换为矩阵，得到想要的数据。 data <- c(1:6, 6:1, 6:1, 1:6, (6:1)/10, (1:6)/10, (1:6)/10, (6:1)/10, 1:6, 6:1, 6:1, 1:6, 6:1, 1:6, 1:6, 6:1) 阅读全文
posted @ 2017-08-27 17:35 弗雷赛斯 阅读(34814) 评论(0) 推荐(0)
R函数详解
摘要：字符串连接函数paste 1、字符串连接：paste(..., sep = " ", collapse = NULL)sep表示分隔符，默认为空格。collapse表示如果不指定值，那么函数paste的返回值是自变量之间通过sep指定的分隔符连接后得到的一个字符型向量；如果为其指定了特定的值，那么自 阅读全文
posted @ 2017-08-23 23:42 弗雷赛斯 阅读(1844) 评论(0) 推荐(0)
扩增子统计绘图1箱线图：Alpha多样性
摘要：绘制Alpha多样性线箱图 绘图和统计全部为R语言，建议复制代码，在Rstuido中运行，并设置工作目录为存储之前分析结果文件的result目录 # 运行前，请在Rstudio中菜单栏选择“Session - Set work directory -- Choose directory”，弹窗选择之 阅读全文
posted @ 2017-08-23 21:54 弗雷赛斯 阅读(3513) 评论(0) 推荐(0)
R语言数据重塑
摘要：使用cbind()函数连接多个向量来创建数据帧。此外，使用rbind()函数合并两个数据帧 使用merge()函数合并两个数据帧。数据帧必须具有相同的列名称，在其上进行合并 melt()拆分数据和cast()数据重构 连接字符串 - paste()函数 格式化数字和字符串 - format()函数 阅读全文
posted @ 2017-08-03 00:33 弗雷赛斯 阅读(359) 评论(0) 推荐(0)
R包
摘要：查看默认安装包的位置 移除包 remove.packages("package_name") 查看所有安装的包 移除包 remove.packages("package_name") 查看所有安装的包 按 q 退出包列表 获取当前在R环境中加载的所有包 search() 获取当前在R环境中加载的所有 阅读全文
posted @ 2017-08-02 16:58 弗雷赛斯 阅读(569) 评论(0) 推荐(0)
tidyverse生态链
摘要：一套完整的数据分析流程 ， 如下图所示 从图中可以看到，整个流程包括读取数据，整洁数据，数据探索和交流部分。经过前两部分， 我们可以得到一个整理好的数据，它的每一行都是一个样本 ， 每一列是一个变量。 然后我们就可以进入最核心的数据探索部分。数据探索包括数据转换，可视化，建模三部分。数据转换的内容包 阅读全文
posted @ 2017-08-01 21:35 弗雷赛斯 阅读(1435) 评论(0) 推荐(0)
R语言入门
摘要：获取帮助文档，查看命令或函数的使用方法、事例或适用范围 > ?command > ??command #深度搜索或模糊搜索用此命令 > example(command) #得到命令的例子 R语言不支持多行注释，但可以使用一个小技巧，如下 if(FALSE) { "This is a demo for 阅读全文
posted @ 2017-08-01 21:23 弗雷赛斯 阅读(792) 评论(0) 推荐(0)
R语言图表
摘要：条形图 在R语言中创建条形图的基本语法是 barplot(H, xlab, ylab, main, names.arg, col) H是包含在条形图中使用的数值的向量或矩阵 xlab是x轴的标签 ylab是y轴的标签 main是条形图的标题 names.arg是在每个条下出现的名称的向量 col用于 阅读全文
posted @ 2017-08-01 21:00 弗雷赛斯 阅读(2875) 评论(0) 推荐(0)