2016年5月12日

摘要: MySQL mac的安装着实费了些功夫。最开始想省事用brew 安装,结果总是有问题,原来brew安装MySQL并没那么简单,还要进行一些配置。索性直接到网站下载: http://www.mysql.com/downloads/ 选择 选择community server, 然后下载了dmg文件 其 阅读全文
posted @ 2016-05-12 08:00 Forever_YCC 阅读(269) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年4月21日

摘要: 今天在HPCC上面想要删除一个文件夹,结果说“Device or resource busy". 于是google一下,发现这个是因为有程序正在运行,所以无法删除。 那么怎样解决? lsof 命令可以找到你的正在运行的程序以及运行的地点,此外 lsof 还提供该程序的 pid。 因此只要 kill 阅读全文
posted @ 2016-04-21 05:09 Forever_YCC 阅读(378) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2015年8月15日

摘要: R的速度慢一直被人诟病,最近做一个比较大的dataset的分析,跑得实在太慢,发现症结是R的data frame的index太慢:以下为测试:gene_list = 1:100000eQTL_mat = matrix(nrow = length(gene_list), ncol = 7) # 创建一... 阅读全文
posted @ 2015-08-15 02:23 Forever_YCC 阅读(1580) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2015年7月24日

摘要: 使用R读取数据的时候遇到这种错误:invalid multibyte string at ''解决方法就是:tbl <- read.delim("dir/file.txt", fileEncoding="UCS-2LE")Refhttp://stackoverflow.com/questions/4... 阅读全文
posted @ 2015-07-24 04:04 Forever_YCC 阅读(732) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2015年6月5日

摘要: read.csv(text="A,B,T,T", header=FALSE)## V1 V2 V3 V4## 1 A B TRUE TRUERT, 有的时候R读取数据的时候容易遇到这种问题。怎样解决呢?调整几个参数即可:read.csv(text="A,B,T,T", header... 阅读全文
posted @ 2015-06-05 13:12 Forever_YCC 阅读(277) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2015年5月5日

摘要: In ENCODE project, we could see some files are called "...rxlch...", which means "reverse crosslinked Chromatin".What does this mean?According to the ... 阅读全文
posted @ 2015-05-05 07:01 Forever_YCC 阅读(248) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2015年4月20日

摘要: 大一时候学过C++,可惜忘得差不多了,之后也很少用过。当时使用的是windows系统,使用的还是visual C++。当时对计算机并不感冒,也没好好学。最近在R的学习中遇到瓶颈,觉得要捡起曾经的C/C++。现在早已时过境迁,系统换成mac,以前的知识也早已忘得一干二净,只能重头再来。1. IDE选择... 阅读全文
posted @ 2015-04-20 05:52 Forever_YCC 阅读(312) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2015年4月18日

摘要: knitr包只能够将R markdown文件转为html格式,若想要将其转化为pdf格式,还要安装另一个包# Install and load packageinstall.packages("rmarkdown")library("rmarkdown")# Convertrender("../Yo... 阅读全文
posted @ 2015-04-18 08:46 Forever_YCC 阅读(3113) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2015年3月12日

摘要: 使用MACS1.4 进行peak calling的时候发现一个比较奇怪的问题:我的某些文件无法被MACS1.4 进行peak calling,出现如下的信息:Traceback (most recent call last): File "/usr/local/bin/macs14", line ... 阅读全文
posted @ 2015-03-12 09:16 Forever_YCC 阅读(961) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2015年2月26日

摘要: 今天在处理R的正则表达式的时候发现,R的正则式中的转义字符和linux、python等的还不一样。Linux是使用"\",而R中则使用"[]"!# 我想要将“A427 PolII [ChIPseq]”中的“[ChIPseq]” 去掉string = "A427 PolII [ChIPseq]"#... 阅读全文
posted @ 2015-02-26 03:42 Forever_YCC 阅读(288) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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