Variation Revealed by SNP Genotyping and Morphology Provides Insight into the Origin of the Tomato
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Abstract
樱桃番茄和栽培番茄以及醋栗番茄之间的进化关系一直有争议。有的作者认为樱桃番茄是两者的中间种，有的作者认为樱桃番茄是两者的混合品种。为了探索这个问题，作者使用 SolCap 平台（包含 7,414 SNPs）对 272 个家系进行了鉴定。
结论
遗传结构
Figure1：所有结果的主成分分析
Figure2：只包含栽培番茄和樱桃番茄的主成分分析
Figure3 和 Figure4：分地区的结构分析
其他
接下来，作者从气候、多样性和形态三个角度分别解析。
讨论
分类
作者从不同角度讨论了材料可能的分类。
遗传和形态多样性
作者讨论了醋栗番茄、栽培番茄和樱桃番茄的多样性。醋栗番茄的多样性明显与地理位置有关。栽培番茄的多样性小于其他 group。樱桃番茄的遗传多样性和形态多样性高。
樱桃番茄多样性结构
即使 PCA 分析中，和栽培番茄与醋栗番茄相比，樱桃番茄表现出连续性，但是也有一些子结构。
醋栗番茄主要分布在西安第斯山脉，但是醋栗番茄和樱桃番茄和混合材料主要分布在安第斯山脉西低地，尤其是南秘鲁。这需要进一步研究解释。
尽管樱桃番茄的混合材料十分丰富，但是并不是所有都是杂交的结果。
根据樱桃番茄的混合材料以及表现出的地理结构，我们可以假设混合过程在安第斯山脉发生了很长时间。缓慢到保留了可以观察到的地理分化。
栽培番茄的起源和扩散
对于前述的两种樱桃番茄和醋栗番茄关系的假说，现有的数据支持樱桃番茄起源于醋栗番茄的假说。
当樱桃番茄出现在厄瓜多尔的时候，它可能已经作为野生植物或者由于人类行为迁移到了中美洲。
樱桃番茄的起源和扩散
介绍了另外两种假说。一种认为 Lycopersicon humboldtii (Willd.) Dunal 是栽培番茄的祖先。另一种假说提出樱桃番茄是栽培番茄和野生番茄的混合种（尽管该研究中的数据也支持樱桃番茄起源假说）。
考虑到厄瓜多尔的樱桃番茄，作者认为番茄早期驯化发生在安第斯山脉。但是还缺乏更强力的证据证明。
之后，西班牙人抵达中美洲，发现了栽培番茄并将之传播。不过，直到今天，番茄的驯化尚未结束。
