linux_conda

channel

恢复默认镜像

conda config --remove-key channels

https://mp.weixin.qq.com/s/ZSAkq4JOxOUAs6WzOkWjUg

conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

Jupyter Notebook 内核的添加和删除

## 切换到要添加的环境，确认已安装 ipykernel
python -m ipykernel --version
## 否则
conda/pip install ipykernel
## 添加内核
python -m ipykernel install --name python27 --display-name "Python2.7"
## 删除内核
jupyter kernelspec remove python27
## 列出已有内核
jupyter kernelspec list

--name 参数后的 python27 是内核名称，用于系统保存，建议设置为不带符号的小写字母与数字，不能有空格、不能和已有的重复。
--display-name 参数后的 "Python2.7" 是在 Jupyter Notebook 网页中选择或切换内核时所显示的，可以是任意可读性良好的字符，可以有空格（但包含空格时需要用双引号将名称包裹）、可以和已有的重复。

安装jupyter扩展

## 安装 jupyter_contrib_nbextensions
`pip install jupyter_contrib_nbextensions`
## 激活 nbextensions
`jupyter contrib nbextension install --user`
## 安装并启用 Jupyter Nbextensions Configurator
pip install jupyter_nbextensions_configurator
jupyter nbextensions_configurator enable --user
## 之后便可在 url/nbextensions 的位置打开 configurator 进行设置了,例如启动 Jupyter Notebook 之后的网址为 http://localhost:8888/tree，那么 Jupyter Nbextensions Configurator 的设置地址则为 http://localhost:8888/nbextensions.

修改jupyter主题

`jt -t onedork -f fira -fs 13 -cellw 90% -ofs 11 -dfs 11 -T -N`

epi软件安装

conda install {fastqc,multiqc,trim-galore,bowtie2,igv,bedtools,deeptools,ucsc-wigtobigwig,ucsc-fetchchromsizes}

https://www.jianshu.com/p/5e9b8031f8d5

fetchChromSizes mm9 > mm9.chrom.sizes