摘要：在装好了环境（SnpHub搭建 | CentOS 7下配置SnpHub所需系统环境）、准备好了数据（SnpHub搭建 | 数据预处理与样本描述文件准备）、填好配置文件（SnpHub搭建 | 手动处理数据后的配置文件填写）之后，就可以准备将SnpHub实例上线使用了。 0. 目录 1. Shiny-S 阅读全文

摘要：在完成了数据的手动预处理和样本描述文件的准备（处理教程：SnpHub搭建 | 数据预处理与样本描述文件准备）之后，就可以开始配置SnpHub实例了。 0. 目录 1. SnpHub框架下载 可以从GitHub上进行SnpHub框架的下载。下载方法可以是直接用git clone，也可以下载为zip文件 阅读全文

摘要：1. VCF文件中出现了position顺序不对（未排好序） 使用bcftools sort进行排序 bcftools sort xxx.vcf -Oz -o xxx.sorted.vcf.gz 2. bcftools在写文件时，因为contig未出现在header中而报错 使用bcftools r 阅读全文

摘要：SnpHub提供了一个自动化的数据预处理脚本，在填写了配置文件后运行脚本即可（细节在这里https://esctrionsit.github.io/snphub_tutorial/content/Setup/quick_deploy.html）。 但是，对于某些情况，手动预处理数据仍有优势。因此，本 阅读全文

摘要：SnpHub（主页：http://guoweilong.github.io/SnpHub/）是一款针对大规模基因组变异数据的数据库模型，提供在线的快速检索与轻量级的分析、可视化功能。目前，SnpHub已于GigaScience杂志在线发表doi: 10.1093/gigascience/giaa06 阅读全文